IAHP H5N1 dans l’avifaune au Sénégal et en Gambie (mars 2023)

Pour le comité de rédaction de la Plateforme ESA : Jean-Philippe Amat, Eric Cardinale, Sophie Carles, Julien Cauchard, Céline Dupuy, Sylvain Villaudy, Guillaume Gerbier, Viviane Hénaux, Célia Locquet, Carlène Trévennec, Renaud Lancelot

Auteur correspondant : plateforme-esa@anses.fr

Un épisode de mortalité sur des sternes royales dans les environs de Saint-Louis au Sénégal a débuté dans le 08/03/2023 dans le parc national de barbarie, où la population d’oiseaux est estimée à 8 020 individus. L’infection par le virus de l’influenza aviaire hautement pathogène H5N1 est confirmée. Au total, 637 oiseaux ont été trouvés morts, dont des sternes royales, sternes sandwich, sternes caspiennes, mouettes à têtes grises et des cormorans (source : Cirad le 12/03/2023, WAHIS-OMSA notification immédiate le 13/03/2023).

Les investigations épidémiologiques menées par les autorités locales ont mis en évidence des cas sur des nouvelles espèces, dont des sternes caugek, guifette (laridé) et pélican blanc. La mortalité intra-spécifique estimée montre un taux de détection plus important chez les sternes royales, les sternes caugek et les sternes caspiennes (sources : autorités locales, rapport n°3 le 14/03/2023). Un premier foyer domestique a été détecté le 18/03/2023 dans un élevage mixte (4 600 poussins, 2 600 poulets de chair et 4 200 poules pondeuses) à environ 40 km au sud du parc de Barbarie. Le rapport mentionne un lien épidémiologique probable avec les cas sauvages (source : WAHIS-OMSA notification immédiate le 29/03/2023).

Les autorités gambiennes ont détecté des cas confirmés H5N1, sur plusieurs cadavres d’oiseaux collectés dans la réserve d'oiseaux sauvages de Tanji, au sud de la capitale. La Gambie est un pays enclavé, entouré par le Sénégal. Cet épisode est à mettre en lien avec les cas reportés au Sénégal (source :  Promed le 06/04/2023). Cet évènement a été notifié à l’OMSA le 08/04/2023. Plusieurs espèces sont concernées dont majoritairement des sternes royales, mais aussi des sternes caspiennes et mouettes à tête grise (source : WAHIS-OMSA notification immédiate le 08/04/2023).

Pour rappel, le virus H5N1 clade 2.3.4.4b a circulé en Afrique de l’ouest à partir de décembre 2020 (voir Note Situation de l’IAHP en Afrique du Nord et de l’Ouest du 23/12/2020 au 27/06/2021) et a circulé dans plusieurs pays en 2021 (voir encadré BHVSI du 18/01/2022). En décembre 2022, des détections de virus H5N1 ont été signalées au Niger et Nigéria (source : FAO Sub-Saharan Africa HPAI situation update le 09/03/2023). Les souches identifiées au Niger étaient apparentées à des souches de virus détectées en 2021 dans ces deux mêmes pays (proches des souches européennes ayant circulant en  2020-2021). Ceci suggérait que le virus IAHP H5N1 clade 2.3.4.4b circulait toujours dans les pays d’Afrique de l’Ouest, de façon largement inapparente, sans nécessairement avoir été nouvellement introduit par les migrations post-nuptiales venant d’Europe (même si ces introductions ont bel et bien eu lieu, au moins pour les saisons précédentes). Les données de séquençage des souches isolées sur les sternes détectées au Sénégal permettront de préciser leur origine (source : LNR le 13/03/2023).

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