La Plateforme compte avec 32 groupes repartis en trois types : les Groupes de Suivi (GS), les Groupes Projet (GP) et les Groupes Investigation (GI).
Pour plus d'information sur l'organisation des groupes :
- Aujeszky (GS)
 - Brucellose (GS)
 - Communication 3 Plateformes (GS clos)
 - Dangers Sanitaires Exotiques (GS clos)
 - Evaluation des Dispositifs de Surveillance (GS)
 - Echinococcus multilocularis (GP)
 - ENMHA (Enquête Nationale Mortalité Hivernale des colonies d'Abeilles) (GS)
 - Fièvre Catarrhale Ovine - Maladie Hémorragique épizootique (FCO-MHE) (GS)
 - Fièvre Q (GI)
 - Frelon asiatique (GS clos)
 - Influenza aviaire (GS)
 - Investigation avec suspicion d'intoxication des abeilles (GI)
 - Loques américaines et européennes (GS)
 - Omaa (Observatoire des Mortalités et des Affaiblissements de l'Abeille mellifère) (GS)
 - Omar Bovins (Observatoire de la Mortalité des Animaux de Rente) (GS)
 - Omar Equidés (Observatoire de la Mortalité des Animaux de Rente) (GS)
 - One Health (GS clos)
 - Oscar (Observatoire et Suivi des Causes d'Avortements chez les Ruminants) (GS)
 - Pestes Porcines faune sauvage (GS)
 - Pestes Porcines suidés d'élevage (GS)
 - Qualité des données inter-plateformes (GS clos)
 - Salmonelles volailles en élevage (GS)
 - Salmonelles transversal (GS)
 - Surveillance-Recherche (GS)
 - Surveillance sanitaire de la faune sauvage (GS)
 - Sylvatub (GS)
 - Système d’information (GS clos)
 - Toxicologie et co-facteurs (GS)
 - Tuberculose en abattoir (GP)
 - Tuberculose (GS)
 - Varroa (GS)
 - Virus Influenza Porcin (GS)
 - Veille Sanitaire Internationale (GS)