PLATEFORME ESADocument
Etat des connaissances sur la COVID-19 et les animaux : Mise à jour au 05/01/2021
Version initiale : 20/04/2020. Dates des précédentes mises à jour : 26/05/2020, 09/06/2020, 24/06/2020, 07/07/2020, 21/07/2020, 28/07/2020, 09/09/2020, 28/09/2020, 13/11/2020, 31/11/2020
COVID-19 et animaux
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Pour la Plateforme ESA (par ordre alphabétique) : Jean-Philippe Amat (Anses), Sophie Carles (INRAE), Julien Cauchard (Anses), Céline Dupuy (Anses), Florence Etoré (Anses), Guillaume Gerbier (DGAl), Viviane Hénaux (Anses), Yves Lambert (DGAl), Renaud Lancelot (Cirad), Elodie Monchâtre-Leroy (Anses)
Auteur correspondant : celine.dupuy@anses.fr
Auteur correspondant : celine.dupuy@anses.fr
Contexte
Le virus SARS-CoV-2 est un virus enveloppé à ARN de la famille des coronavirus (genre bêtacoronavirus). Il est responsable de la maladie COVID-19 chez l’être humain (OMS, 2020). Le virus a probablement une origine animale via une espèce de chauve-souris (genre Rhinolophus) avec ou sans intervention d’un hôte intermédiaire (avis Anses, OIE, Shi et al., 2020). Compte tenu de cela, l’OIE (organisation mondiale de la santé animale) a recommandé dans un rapport du 05/11/2020 de limiter les contacts entre les chauves-souris (genre Rhinolophus) et les animaux de rente (Source : guide OIE au 05/11/2020). L’origine exacte du virus n’est pas encore connue (Andersen, 2020). Ce virus est distinct des bêtacoronavirus connus pour circuler chez les animaux domestiques (absence de lien génétique direct et sous-genres différents) (Scicom, 2020,
avis Anses). Les principaux coronavirus rencontrés chez les animaux domestiques sont inventoriés dans l’avis de l’Anses.
La voie principale de transmission du SARS-CoV-2 est interhumaine (Bernard Stoecklin et al. 2020 ; Guan et al. 2020, OIE). Toutefois, des interrogations ont émergé concernant le rôle potentiel que pourraient jouer les animaux domestiques dans la transmission du virus à l’être humain notamment à la suite d’un premier signalement à l’OIE d’un chien mis en quarantaine par les autorités de Hong Kong le 26/02/2020 (notification OIE du 29/02/2020 et cf. encadré 1).
Après une saisine en urgence de la Direction générale de l’alimentation notamment sur le rôle potentiel des animaux domestiques (animaux de rente et de compagnie) dans la propagation du virus SARS-CoV-2, l’Anses a réuni un groupe d’experts ad hoc et publié un avis le 09/03/2020 relatif au virus SARS-CoV-2 qui a été complété le 14/04/2020 (avis Anses) puis actualisé le 16/10/2020 (lien). Le comité scientifique auprès de l’Afsca (agence sanitaire belge) a également rendu un avis le 22/03/2020 (Scicom, 2020) tout comme un groupe d’experts néerlandais le 16/04/2020 (Source : courrier OIE). Plusieurs travaux de recherche sont en cours mais ne sont, pour la plupart, pas encore publiés. Une synthèse des données bibliographiques relatives à l’infection du SARS-CoV-2 de différentes espèces animales est disponible aux pages 18-19 du rapport de l’Anses actualisé le 16/10/2020.
Rôle des animaux
Animaux de compagnie
Des résultats positifs par RT-PCR du SARS-CoV-2 ont été signalés suite à l’analyse d’écouvillons oraux ou nasaux d’animaux de compagnie en contact étroit avec leur propriétaire atteint de la COVID-19. Ce type de test démontre la contamination des animaux mais ne peut confirmer ni leur infection ni leur infectiosité. Quatre-vingt-deux animaux de compagnie ont été concernés indiqués ci-dessous par ordre chronologique des continents touchés (Encadrés 1 à 4) :
- en Asie : neuf chiens et sept chats tous asymptomatiques à Hong Kong et quatre chiens et deux chats asymptomatiques au Japon ;
- en Europe : quatre chats asymptomatiques en Belgique (n=1), Allemagne (n=1) et France (n=2) et trois chats symptomatiques, un au Royaume-Uni, un en Espagne (découverte fortuite) un en Suisse et un en Russie ; un chien au Danemark (en lien avec un élevage de vison positif) et un en Italie ; un furet domestique en Slovénie (symptomatique) ;
- en Amérique du Nord: vingt et un chats et treize chiens dont vingt-trois symptomatiques (quatorze chats et neuf chiens) aux Etats-Unis et cinq chiens symptomatiques au Mexique ;
- en Amérique du Sud : trois chats au Chili, un chat au Brésil et quatre chiens et deux chats en Argentine.
Les autorités de Hong-Kong, du Japon et des Etats-Unis ont mis en place un protocole de surveillance renforcée des carnivores domestiques en contact avec des cas humains de COVID-19 demandant la réalisation de prélèvements sur ces animaux. Au Royaume-Uni, en France, en Suisse, au Brésil et au Chili des prélèvements sont réalisés dans le cadre de projets de recherche. Il n’est ainsi pas pertinent de comparer les nombres de cas selon les pays.
Suite aux résultats de l’ensemble des tests conduits sur les animaux de compagnie dont les propriétaires ont été atteints par la COVID-19 à Hong Kong, les autorités de Hong Kong ont conclu que les chiens et chats étaient difficilement infectés par le SARS-CoV-2 et qu’il n’y avait donc pas de preuve qu’ils jouent un rôle significatif dans la propagation du virus (Source : communiqué des autorités de Hong Kong au 26/03/2019, Thiry, 2020). Le CDC, Center for disease control and prevention (USA), est arrivé à la même conclusion (Source : CDC au 22/04/2020). Le comité scientifique belge a également indiqué dans son avis en date du 22/03/2020 que les animaux domestiques (incluant les animaux de compagnie) peuvent être considérés comme un cul-de-sac épidémiologique pour le SARS-CoV-2 dans l’état actuel des connaissances (Source : Scicom, 2020). Le point sur ce que l’on sait ou non sur la réceptivité et la sensibilité des animaux de compagnie est précisé dans l’encadré 7.
Animaux domestiques d’élevage
A ce jour le virus SARS-CoV-2 n’a pas été mis en évidence sur des animaux d’élevage domestiques en condition naturelle. L’OIE, dans un guide paru le 05/11/2020, conclut que le risque de transmission du SARS-CoV-2 de l’être humain à l’animal est faible chez les lapins (une seule étude) et négligeable pour les volailles, porcs et bovins (une seule étude) (Source : guide OIE au 05/11/2020). Le point sur ce que l’on sait ou non sur la réceptivité et la sensibilité des animaux domestique d’élevage est précisé dans l’encadré 7.
Animaux de la faune sauvage captive (élevages et parcs zoologiques)
Les visons (Neovison vison, aussi appelé vison d’Amérique) sont des animaux d’élevage non domestiques (faune sauvage captive).
Au 05/01/2021, des visons positifs au SARS-CoV-2 ont été détectés par RT-PCR dans plusieurs pays, par ordre de détection des premiers cas : aux Pays-Bas (69 sites), au Danemark (290 sites), en Espagne (un site),aux Etats-Unis (dix-sept sites), en Suède (treize sites), en Italie (un site), en Grèce (dix-sept sites), en France (un site), en Pologne (un site), en Lituanie (deux sites) et au Canada (deux sites) (Encadré 5).
La première détection date du 23/04/2020 aux Pays-Bas. Suite aux investigations épidémiologiques menées aux Pays-Bas, une contamination inter-visons a été suspectée mais l’université Wageningen indiquait alors que le risque que le vison agisse comme réservoir du SARS-CoV-2 était faible (Encadré 5). Le ministère de l’agriculture des Pays-Bas a indiqué que le passage du SARS-CoV-2 du vison à l’être humain serait plausible pour expliquer l’infection de deux employés dans deux des quatre premières fermes d’élevage de visons détectées positives sans que cela n’ait toutefois été formellement démontré. Les autorités néerlandaises se basent sur des similitudes de séquençage génomique entre le virus présent chez les visons et ceux retrouvés chez ces deux employés (Source : Promed du 20/05/2020 et du 26/05/2020) ainsi que sur la chronologie des symptômes chez les visons puis chez les deux personnes malades. Dans un avis du 03/06/2020, le comité consultatif de coordination administrative pour les zoonoses (BAO-Z) et l’équipe de gestion des épidémies zoonotiques (OMT-Z) néerlandais ont indiqué que, sans mesure particulière, le virus pourrait continuer à circuler dans les élevages de visons pendant une longue période ce qui pourrait représenter un risque pour la santé publique. Ceci a motivé les autorités néerlandaises à décider l’abattage total des animaux des sites détectés contaminés pour limiter le risque de mutation du virus et la mise en place d’un système de surveillance programmée dans toutes les exploitations de visons avec la réalisation de prélèvements hebdomadaires.
Les autorités espagnoles et danoises ont pris une décision similaire d’abattage total des élevages infectés, puis les autorités danoises ont remplacé l’abattage par un renforcement des mesures préventives associées à un plan d’échantillonnage. Les Etats-Unis n’ont pas opté pour une stratégie d’abattage des élevages positifs (Encadré 5).
Le 20/07/2020, le BAO-Z et l’OMT-Z avaient complété leur précédent avis sur les conséquences possibles de l’infection d’exploitations de visons. L’origine de la contamination des premiers élevages de visons serait liée à la période de sevrage et de vaccination, avec des manipulations qui avaient été alors réalisées sans masque (avant mise en place des mesures préventives). Suite à la survenue de nouveaux cas en août 2020, indiquant un défaut d’efficacité des mesures préventives mises en œuvre (Source : site autorités néerlandaises au 20/07/2020), le BAO-Z et l’OMT-Z ont modifié leur avis le 24/08/2020 recommandant d’accélérer la fin de l’élevage de visons dans le pays. Suite à cet avis, les autorités néerlandaises ont proposé une évolution de la réglementation pour mettre en place un arrêt de cette activité en mars 2021 (au lieu de 2024). Dans l’intervalle, les mesures de surveillance et de prévention ainsi que le contrôle de leur respect ont été renforcés (lettre au parlement du 28/08/2020, site des autorités néerlandaises au 02/09/2020, article média du 27/08/2020).
Ainsi, la source de contamination est, dans six des neuf pays européens concernés (tous sauf l’Italie, la Grèce et la France), certainement liée à des employés qui ont présenté des symptômes de la COVID-19. Pour l’Italie l’origine de la contamination n’est pas connue et l’hypothèse d’un défaut de spécificité du test est avancée. Pour la Grèce et la France des investigations sont en cours; les investigations en France laissent présager une origine humaine très probable de la contamination d’un élevage de visons (Source : communiqué de presse en date du 09/12/2020).
Suite à l’augmentation des foyers en élevage de visons et aux résultats d’enquêtes suggérant des variations génétiques/antigéniques du SARS-CoV-2, l’OIE a publié un guide proposant des recommandations pour limiter les risques de transmission entre l’être humain et les animaux. Ceci est lié à des craintes que certaines espèces puissent devenir des réservoirs du virus (Source : guide OIE au 16/11/2020). Dans ce guide, l’OIE conclut que le risque de transmission du SARS-CoV-2 de l’être humain aux mustélidés (dont les visons) est élevé (Source : guide OIE au 16/11/2020). L’OIE conclut également, sur la base des modalités de survenue de la maladie aux Pays-Bas et de similarités de séquences génomiques du virus, que le risque de transmission des visons à des personnes en contact direct avec eux est élevé mais que ce risque est négligeable entre des visons et des personnes vivants en périphérie des exploitations de visons (Source : guide OIE au 16/11/2020). Même si des chiens et des chats asymptomatiques ont été détectés positifs au SARS-CoV-2 après avoir été en contact avec des visons atteints, l’OIE conclut que, malgré un risque élevé de transmission des visons aux chiens et chats, le risque de transmission de ces chiens et chats à l’être humain est considéré comme faible (Source : guide OIE au 16/11/2020). Le risque de transmission d’une exploitation de visons à une autre via des mouvements de visons ou de personnels est considéré comme élevé par l’OIE, ce risque est considéré comme faible à moyen via le transport de carcasses ou de produits issus d’animaux atteints (peaux) (Source : guide OIE au 16/11/2020). Le risque que le vison puisse devenir un réservoir du SARS-CoV-2 n’est pas à négliger dans les zones de fortes densités d’élevages de visons d’après l’OIE et l’Anses (Source : guide OIE au 16/11/2020, avis anses actualisé au 16/10/2020).
Des cas de détection du SARS-CoV-2 sur des tigres, lions et un léopard des neiges aux USA dans les zoos de New York et de Knoxville (Tennessee) en avril et octobre 2020 ainsi que dans un zoo du Kentucky en décembre 2020 sont détaillés dans l’encadré 6.
Un puma (Puma concolor) du zoo de Johannesburg en Afrique du Sud a été testé positif au SARS-CoV-2 par RT-PCR le 31/07/2020. La contamination serait due à un contact avec un animalier atteint de la COVID-19. L’animal partage un enclos avec un autre puma. Il n’y a pas d’indication à ce jour sur les résultats d’éventuels prélèvements sur ce second animal (Source : notification OIE du 11/08/2020).
Le 10/12/2020, la presse relaie l’information que quatre lions du zoo de Barcelone (Espagne) avaient été détectés positifs au SARS-CoV-2 en novembre 2020 et sont à présents rétablis. Il s’agit de trois femelles de 16 ans et un mâle de quatre ans ayant présenté de faibles symptômes respiratoires. Deux personnels du zoo ont été testés positifs à la COVID-19 (Source : média au 10/12/2020, Promed au 08/12/2020).
Animaux de la faune sauvage non captive
L’USDA a confirmé la détection d’un premier cas positif au SARS-CoV-2 par RT-PCR sur un vison sauvage aux USA dans l’Utah. L’animal a été détecté suite à un dispositif de surveillance mis en place autour des exploitations de visons d’élevage détectées positives au SARS-CoV-2. Les séquençages réalisés sur le vison sauvage et les visons d’élevage n’ont pas montré de différences entre les souches (Source : Promed au 13/12/2020). Aucun autre cas n’a été notifié dans le monde sur un vison sauvage.
L’encadré 7 présente l’état des connaissances et les questionnements qui nécessiteraient des études scientifiques pour y répondre.
Conclusion
La pandémie actuelle de COVID-19 est le résultat d'une transmission d'humain à humain (Source : OIE au 09/06/2020, avis anses actualisé au 16/10/2020). Les cas de contamination et/ou d’infection des animaux domestiques restent sporadiques et isolés, alors que le virus circule largement dans la population humaine (
avis Anses). Il n’existe actuellement aucune preuve scientifique quant à la transmission du SARS-CoV-2 d’un animal domestique infecté à l’être humain. La transmission du SARS-CoV-2 de l’être humain à une espèce animale domestique semble rare (liée à une promiscuité animal-Homme importante en milieu clos ou confiné) et une circulation du virus des animaux domestiques vers l’être humain semble actuellement peu probable (avis Anses, avis anses actualisé au 16/10/2020). Il est recommandé aux personnes atteintes de la COVID-19 qui détiennent des animaux de compagnie d’appliquer les principes de base en matière de bonnes pratiques d’hygiène (encadré 8) mais il n'est pas justifié de prendre des mesures à l'encontre des animaux de compagnie, qui pourraient par ailleurs compromettre leur bien-être (OIE). Les gestes barrières doivent en particulier être strictement appliqués par les propriétaires de furets ou de hamsters de compagnie, ces deux espèces étant particulièrement réceptives et sensibles au SARS-CoV-2. Pour les animaux d’élevage de rente, seule la transmission de l’être humain aux visons est considérée à haut risque par l’OIE qui préconise la mise en place de mesures adaptées, tout comme l’ECDC (Source : guide OIE au 05/11/2020, rapport d’évaluation des risques de l’ECDC au 12/11/2020). La réceptivité de certaines espèces animales, notamment les visons, indique que le risque de constitution d’un réservoir animal existe (avis anses actualisé au 16/10/2020).
| Encadré 1 : Carnivores domestiques positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 en Asie
Hong Kong Cas numéro 1 : chien de race Loulou de Poméranie de 17 ans Cas numéro 2 : chien de race Berger allemand de deux ans Cas numéro 3 : chat Cas numéros 4 à 10 : cinq chats et deux chiens Cas numéro 11: un chien asymptomatique Suite à un contact avec une personne atteinte de la COVID-19, un chien a été placé en quarantaine le 23/11/2020. Les prélèvements réalisés sur cet animal asymptomatique ont été confirmés positifs au SARS-CoV-2 en RT-PCR le 25/11/2020 (Source : notification OIE au 27/11/2020). Cas numéro 12 : un chat asymptomatique Cas numéros 13 à 16 : quatre chiens asymptomatiques Japon Cas numéro 1 à 3 : des chiens asymptomatiques Cas numéro 4 : un chien asymptomatique Cas numéro 5 et 6 : deux chats (asymptomatiques) |
| Encadré 2 : Carnivores domestiques positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 en Europe (par ordre chronologique des pays concernés)
Belgique (symptomatique) Le 18/03/2020, de l’ARN viral du virus SARS-CoV-2 a été mis en évidence par RT-PCR puis confirmé par séquençage à haut débit dans les matières fécales et le liquide gastrique d’un chat en Belgique. L’animal appartenait à une personne atteinte de la COVID-19. Il a présenté des signes cliniques digestifs et respiratoires une semaine après le retour d’Italie de sa propriétaire. Son état général s’est amélioré neuf jours après (Source : Scicom, 2020, article Thiry, 2020, notification OIE). Un article publié dans la revue Emerging infectious diseases détaille la chronologie de survenue de ce cas (Garigliany et al 2020).
Le comité scientifique belge ainsi qu’un groupe d’experts de l’OIE indiquent que ces éléments ne permettent pas de conclure à une infection virale productive, mais de la suspecter (Source : Scicom, 2020, OIE call 31/03/2020). Espagne (découverte fortuite)
Le 22/04/2020, un chat adulte vivant en Catalogne a été détecté positif en RT-PCR au SARS-CoV-2 après un examen post-mortem. Il vivait dans un foyer où plusieurs personnes étaient atteintes de la COVID-19. Il avait présenté des symptômes respiratoires mais le lien avec le SARS-CoV-2 est questionné par son vétérinaire, l’animal étant par ailleurs atteint d’une cardiomyopathie hypertrophique (Source : article Reuters du 08/05/2020). La détection de l’ARN du SARS-CoV-2 est considérée comme une découverte fortuite et non la cause de la mort de l’animal (source : Avepa au 8/05/2020). France (symptomatique)
Cas numéro 1, région parisienne : le 02/05/2020 un premier chat en région parisienne a été détecté positif en qRT-PCR au SARS CoV-2 sur prélèvement rectal. Les écouvillons nasopharyngés étaient négatifs. Cette détection a eu lieu dans le cadre d’une étude conduite par l’unité mixte de recherche ENVA/Anses/INRAE en lien avec l’Institut Pasteur sur des chats de propriétaires suspectés d’être atteints de la COVID-19 et ayant présenté des symptômes respiratoires (source : communiqué de presse ENVA du 2/05/2020, site ENVA, Promed du 01/05/2020). L’étude a porté sur une dizaine d’animaux. L’animal s’est probablement contaminé via ses propriétaires. Cas numéro 2, Bordeaux : le 12/05/2020 un deuxième chat à Bordeaux a été testé positif au SARS-CoV-2 à partir d’un prélèvement naso-pharyngé. Le propriétaire de l’animal est fortement suspecté d’avoir été atteint par la COVID-19. Les écouvillons rectaux du chat étaient négatifs. L’animal a présenté des troubles respiratoires (toux). Ce cas a été détecté dans le cadre d’une étude conduite par l’UMR INRAE-ENVT et l’ENVT sur des chats et furets (Source : AFP au 12/05/2020, communiqué presse ENVT du 12/05/2020). Allemagne (asymptomatique) Russie Danemark (asymptomatique) Royaume-Uni (symptomatique) Italie (asymptomatique) Slovénie (symptomatique) Suisse (symptomatique) |
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Encadré 3 : Carnivores domestiques positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 en Amérique du Nord
USA Cas numéros 1 et 2 : deux chats à New York (symptomatiques)
Les 15 et 20/04/2020 deux chats ayant présenté des signes cliniques (éternuements et écoulements oculaires) ont été testés positifs au SARS-CoV-2 par RT-PCR. Ils vivent à New York dans deux foyers distincts. L’un vit avec un autre chat au contact d’une personne atteinte de la COVID-19, l’autre vit dans un foyer d’où il sort régulièrement et qui se trouve dans un quartier où des cas humains de COVID-19 sont connus (Source : Notification OIE au 22/04/2020, Promed du 18/04/2020, publication CDC du 22/04/2020). Cas numéro 3 : un chat dans le Minnesota (symptomatique) Cas numéro 4 : un chien à New York (symptomatique) Cas numéro 5 : un chat dans l’Illinois (symptomatique) Cas numéro 6 : un chien en Géorgie (symptomatique) Cas numéro 7 : un chien au Texas (asymptomatique) Cas numéro 8 : un chat en Californie (asymptomatique) Cas numéro 9 : un chien en Caroline du Sud (asymptomatique) Cas numéro 10 : un chat au Texas (asymptomatique) Cas numéro 11 : un chien en Arizona (symptomatique) Cas numéro 12 : un chat au Texas (asymptomatique) Cas numéro 13 : un chien en Louisiane (asymptomatique) Cas numéro 14 et 15 : un chien et un chat au Texas (asymptomatiques) Cas numéro 16 : un chien en Caroline du Nord (symptomatique mais lien entre symptômes et SARS-CoV-2 non établi) Cas numéro 17 : un chat en Géorgie (symptomatique) Cas numéro 18 : un chat dans le Maryland (symptomatique) Cas numéro 19 : un chat en Californie (symptomatique) Cas numéro 20 : un chat en Louisiane (symptomatique) Cas numéro 21 : un chat dans le Kentucky (symptomatique) Cas numéro 22 : un chat au Texas (asymptomatique) Cas numéro 23 : un chien au Texas (symptomatique) Cas numéro 24 : un chat dans l’Alabama (symptomatique) Cas numéro 25 : un chien au Texas (symptomatique) Cas numéro 26 : un chat en Pennsylvanie (symptomatique) Cas numéros 27 à 34 (Source : notification OIE au 18/12/2020)
Cinq chiens au Mexique (symptomatiques) Cinq chiens dans quatre foyers distincts, tous en contact avec des personnes atteintes de la COVID-19 ont été testés positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 entre le 08/08 et le 26/11/2020. Ils ont tous présentés des symptômes (fièvre et ou signes respiratoires). Ils ont été détectés dans le cadre d’un dispositif de surveillance événementielle qui a donné lieu à 25 suspicions depuis le début de l’épidémie de COVID-19 (Source : notification de l’OIE du 15/12/2020). |
| Encadré 4 : Carnivores domestiques positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 en Amérique du Sud
Trois chats au Chili Trois chats ont été détectés positifs en RT-PCR au SARS-Cov-2 dans le cadre de travaux de recherche menés sur des animaux domestiques en contact avec leur propriétaire atteint de la COVID-19 à Santiago. Il n’est pas précisé si ces animaux étaient symptomatiques ou non. Le premier résultat a été obtenu le 08/06/2020. Des analyses de séquençage ont permis le 01/10/2020 de confirmer que ces animaux avaient fait l’objet d’une contamination par leur propriétaire (Source : notification OIE au 22/10/2020). Un chat au Brésil (asymptomatique) Quatre chiens et deux chats en Argentine (asymptomatiques et symptomatiques selon les animaux) |
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Encadré 5 : Elevages de visons (Neovison vison) (symptomatiques et asymptomatiques)
Pays-Bas Le 24/04/2020, trois visons provenant d’un élevage de la province de Brabant du Nord (effectif de 13 000 visons) étaient détectés positifs au SARS CoV-2 par PCR. Ils avaient présenté des symptômes gastrointestinaux et respiratoires. Un excès de mortalité avait été constaté dans cette exploitation. Deux employés ont présenté des symptômes évocateurs de la COVID-19 mais ils n’ont pas fait l’objet de test de confirmation.
Le 25/04/2020, une seconde exploitation de visons (effectif de 7 500 visons) distante de 20 km de la précédente a présenté un contexte similaire (excès de mortalité et symptômes respiratoires chez les visons et deux employés avec des symptômes évocateurs de la COVID-19). Des tests positifs sur des visons ont été reportés (nombre de cas non précisés) (Source : courrier OIE, lettre au parlement néerlandais du 26/04/2020, CPVAADA du 18/06/2020). Le 07/05/2020 deux autres élevages (effectif de 10 000 et 1 500 visons) dans cette même province étaient concernés (Source : ministère néerlandais de l’agriculture au 08/05/2020). Peu de visons de ces quatre exploitations ont présenté des symptômes (gastrointestinaux et respiratoires). Un taux de mortalité supérieur à la normale dans ces exploitations a également été rapporté (informations quantitatives non fournies). La source de contamination de ces visons est certainement liée à des employés de ces élevages qui avaient présenté des symptômes de la COVID-19. Selon l’université Wageningen, le risque que le vison agisse comme réservoir du SARS-CoV-2 est faible (Source : université Wageningen au 08/05/2020). Trois des quatre exploitations pré-citées appartiennent au même propriétaire. Les premières investigations épidémiologiques semblent démontrer une contamination entre visons (source : ministère néerlandais de l’agriculture au 08/05/2020). Le 22/06/2020, les autorités néerlandaises indiquaient que dix-sept sites d’élevage de visons distincts avaient fait l’objet d’analyses positives au SARS-CoV-2 sur leurs animaux dans les communes de Gemert-Bakel, Laarbeek, Deurne, St Anthonis, et Venray (Source : Wageningen university au 23/06/2020, lettre des autorités néerlandaise au 22/06/2020, CPVAADA du 18/06/2020). Un avis du comité consultatif de coordination administrative pour les zoonoses (BAO-Z) et de l’équipe de gestion des épidémie zoonotiques (OMT-Z) du 03/06/2020 a indiqué que le virus pourrait continuer à circuler dans les élevages de visons pendant une longue période ce qui pourrait représenter un risque pour la santé publique. Ceci a motivé les autorités à décider l’abattage des animaux des élevages de visons concernés pour limiter le risque de transmission à l'être humain ; par ailleurs, cette mesure permettrait de réduire le risque de mutations du virus (chez les visons) susceptibles de faciliter son passage à l'être humain depuis des visons infectés. Les élevages non atteints continuaient à faire l’objet de mesures d’isolement préventives. Des mesures d’aide à la fermeture anticipée des élevages de visons le souhaitant seront envisagées. A ce moment-là, il était prévu que toutes les fermes de visons cessent leur activité aux Pays-Bas d’ici 2024 suite à une précédente décision législative (lien article site autorités néerlandaises, lettre du ministre de l’agriculture néerlandais au parlement du 15/06/2020, avis de l’OMT-Z au 03/06/2020, CPVAADA du 18/06/2020). Le 06/06/2020, les autorités néerlandaises ont débuté l’abattage de 1 500 visons d’un élevage à Deurne où des analyses avaient confirmé la présence du SARS-CoV-2. Ces opérations d’abattage se sont poursuivies pour l’ensemble des exploitations détectées positives avec plus de 500 000 visons abattus au 23/06/2020 (Source : CPVAADA du 18/06/2020, Promed Vol96, issue 75 au 19/06/2020). Un dispositif de surveillance programmée dans toutes les exploitations de visons a également été mis en place avec la réalisation de prélèvements hebdomadaires (Source : avis de l’OMT-Z au 03/06/2020). Au 17/07/2020, le nombre d’élevages de visons détectés positifs au SARS-CoV-2 était de 25, 21 dans la province du Brabant du Nord et quatre dans la province de Limburg. Parmi ces 25 exploitations, huit avaient fait l’objet d’un signalement par l’exploitant suite à l’apparition de signes cliniques sur les animaux, les autres avaient été détectées par le dispositif de surveillance programmée renforcée (Source: Wageningen university au 06/07/2020, lettre des autorités néerlandaise au 16/07/2020, Promed au 19/07/2020, site autorités néerlandaises au 20/07/2020). Au 02/09/2020, le nombre d’élevages de visons détectés positifs au SARS-CoV-2 était de 44, 33 dans la province du Brabant du Nord, dix dans la province de Limburg et un dans la province de Gelderland. Sur ces 44 exploitations, dix-sept ont fait l’objet d’un signalement par l’exploitant suite à l’apparition de signes cliniques sur les animaux, les autres ont été détectées par le dispositif de surveillance programmée renforcée (site autorités néerlandaises au 02/09/2020). Le 03/09/2020, trois autres exploitations étaient détectées positives (et une suspectée puis confirmée le lendemain (site autorités néerlandaises au 03/09/2020 et au 04/09/2020). Au 07/09/2020, après la détection de deux nouveaux élevages de visons positifs au SARS-CoV-2, le nombre total d’exploitations détectées depuis le 24/04/2020 était de 50 (site autorités néerlandaises au 07/09/2020) Le 14/09/2020, deux autres exploitations étaient détectées positives, une à Wilbertoord et l’autre à Overloon avec des effectifs respectifs de 1 250 et 7 500 mères (Source : site des autorités néerlandaises au 14/09/2020). Le 16/09/2020, une exploitation à Cuijk était détectée positive suite à l’apparition de symptômes sur des visons de l’exploitation (Source : site des autorités néerlandaises au 16/09/2020). Le 18/09/2020, une exploitation à Meijel était détectée infectée (Source : site des autorités néerlandaises au 18/09/2020), puis une autre le 22/09/2020 à Heumen (Source : site des autorités néerlandaises au 22/09/2020). La contamination de ces deux dernières exploitations a été détectée via le dispositif de surveillance programmée pré-cité. Le 24/09/2020, une exploitation de 4 000 mères dans la commune de Horst aan de Maas était détectée positive suite à l’apparition de symptômes sur des visons de l’exploitation (Source : site des autorités néerlandaises au 24/09/2020). Au 25/09/2020, 57 élevages néerlandais de visons avaient été détectés positifs au SARS-CoV-2 depuis la première détection le 24/04/2020. Le dernier foyer concernait une exploitation située à Meijel qui fera l’objet, comme les précédentes, de mesures d’abattage. Il a été détecté dans le cadre de la surveillance programmée des élevages du pays (Source : site des autorités néerlandaises au 25/09/2020). Au 06/10/2020, 62 exploitations de visons étaient infectées dont 43 dans le Brabant du Nord, 17 dans la province de Limburg et deux dans le Gelderland. Sur ces 62 foyers, 25 ont été détectés via la surveillance événementielle suite à la détection de symptômes chez les visons et 37 dans le cadre de la surveillance programmée (Source : lettre des autorités néerlandaises au 06/10/2020). Au 21/11/2020, 70 exploitations de visons étaient détectées positives au SARS-CoV-2. Elles ont toutes fait l’objet d’opérations d’abattage (en cours pour la dernière exploitation concernée au 21/11/2020). Il reste 35 exploitations de visons aux Pays-Bas. (Source: communiqué de presse des autorités néerlandaises du 21/11/2020, lettre des autorités néerlandaises au 21/11/2020). Une des 70 exploitations avaient été considérées positives au SARS-CoV-2 sur la base d’analyses sérologiques mais les analyses PCR réalisées ultérieurement s’étant révélées négatives les autorités ne l’ont finalement pas déclaré comme un cas même si l’exploitation a fait l’objet d’un abattage. Le nombre total d’exploitations positives est donc de 69 au 11/12/2020 (Source : autorités néerlandaises au 11/12/2020). Le projet de loi visant à interdire l’élevage de visons a été adopté par le Parlement le 01/12/2020 et est en cours d’étude au Sénat (Source : autorités néerlandaises au 11/12/2020). Les Pays-Bas comptaient 127 élevages de visons au moment de la détection des premiers cas (Source : CPVAADA du 18/06/2020). Danemark 
Espagne Etats-Unis (classement par Etat) Utah Michigan Wisconsin Oregon Suède Italie Grèce France Pologne Lituanie Canada |
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Encadré 6 : Tigres, lions et léopard des neiges aux USA positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2.
Zoo de New York Cinq tigres (Panthera tigris jacksoni) et trois lions (Panthera leo) sont hébergés dans deux enclos distincts au zoo de New York (WCS Bronx zoo) (Source : Notification OIE du 6/04/2020). Ces animaux sont détenus depuis longtemps dans le zoo qui n’a pas accueilli de nouveaux félins ces dernières années (Source : Promed 84 du 06/04/2020). L’un des cinq tigres, âgé de quatre ans, a présenté des signes cliniques respiratoires le 27/03/2020. Il a fait l’objet de prélèvements nasaux, oropharyngés et trachéaux le 03/04/2020. Les analyses en RT-PCR et séquençage pour le SARS-CoV-2 étaient positifs (résultats confirmés par l’USDA le 04/04/2020) (Source : Promed 84 du 06/04/2020, Notification OIE du 06/04/2020). Le 03/04/2020, trois autres tigres et les trois lions ont présenté des signes cliniques (toux sèche et dans certains cas respiration sifflante, mais pas de dyspnée ni d'écoulement nasal ou oculaire). Au 06/04/2020, ces félins présentaient une amélioration de leur état général (Source : Notification OIE du 6/04/2020, Promed 84 du 06/04/2020). Les autres félins du zoo n’ont pas présenté de signes cliniques (Source : Promed 84 du 06/04/2020). L’origine de l’infection serait un animalier qui, au moment où il était en contact avec les félins, était en phase asymptomatique de la COVID-19 (Source : Promed 84 du 06/04/2020). Le 22/04/2020 un article média informait que quatre autres tigres et trois lions de ce zoo avaient été testés positifs au SARS-CoV-2. Aucune information concernant la date des prélèvements ou des analyses n’est précisée (Source: article National geographic). Zoo de Knoxville (Tennessee) Zoo dans le Kentucky (comté de Jefferson) |
| Encadré 7 : Connaissances et questionnements Ce que l’on sait
Ce qu’on suppose
Les questions sans réponse à ce jour
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Encadré 8 : Recommandations
A l’attention des propriétaires d’animaux de compagnie (Source : OIE, Anses) Dans la mesure du possible, les personnes malades de la COVID-19 doivent éviter tout contact étroit avec leurs animaux de compagnie (notamment chiens, chats, furets) et confier leurs animaux aux bons soins d'un autre membre de leur foyer. Si elles doivent s'occuper de leur animal, elles devraient appliquer de bonnes pratiques d'hygiène et si possible porter un masque facial et se laver les mains avant et après avoir pris soin de leur animal. Les animaux appartenant à des propriétaires infectés par la COVID-19 devraient autant que possible rester à l’intérieur et les contacts avec ces animaux évités dans toute la mesure du possible. A l’attention des personnes en contact avec des animaux de la faune sauvage (Source : OIE) L’OIE en partenariat avec des organismes spécialisés dans la faune sauvage a publié le 25/08/2020 des recommandations à l’attention des personnes en contact avec des animaux de la faune sauvage. Ces recommandations visent à limiter les risques de contamination du SARS-CoV-2 de l’être humain à la faune sauvage pour éviter la mise en place de réservoirs. Elles sont basées sur le respect de principes de biosécurité et d’hygiène. A l’attention des personnes travaillant dans des exploitations d’animaux d’espèces sensibles L’OIE a publié un guide à l’attention du personnel des exploitations où des animaux d’espèces sensibles sont élevés. Ce guide vise à limiter le risque d’introduction du SARS-CoV-2 aux animaux d’espèces sensibles (Guide l’OIE au 16/11/2020) |
Références bibliographiques
Avis de l’Anses du 09/03/2020 complété, suite à la saisine n°2020-SA-0037, relatif à une demande urgente sur certains risques liés au COVID-19 (lien)
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Andersen K. et al. 2020 The proximal origin of SARS-CoV-2. Nature medecine? 17/03/2020 (lien)
Bernard Stoecklin, et al. 2020. First cases of coronavirus disease 2019 (COVID-19) in France: surveillance, investigations and control measures, January 2020. Euro Surveill 25 (6).
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Shi Jianzhong et al. 2020 Susceptibility of ferrets, cats, dogs, and other domesticated animals to SARS-coronavirus 2. Sience. Report. 8 avril 2020 : eabb7015, DOI: 10.1126/science.abb7015 (lien)
Sit et al. 2020. Infection of dogs with SARS-CoV-2 Nature https://doi.org/10.1038/s41586-020-2334-5 (lien)
Temmam et al., 2020 Absence of SARS-CoV-2 infection in cats and dogs in close contact with a cluster of COVID-19 patients in a veterinary campus bioRxiv. 09/04/2020 (under review) (lien).
Thiry Etienne. 2020. Un chat est détecté positif au virus du COVID-19 à Hong Kong - La réceptivité du chat au virus du COVID-19 est démontré. Cela reste des événements rares (lien)
Zhang et al. 2020. SARS-CoV-2 neutralizing serum antibodies in cats: a serological investigation. BioRXiv. doi: https://doi.org/10.1101/2020.04.01.021196 (under review) (lien)
Pour en savoir plus
- Page d’information du site internet de l’Anses relative au COVID-19
- Questions/réponses sur le COVID-19 du Site web OIE
- Questions/réponses sur le coronavirus de l’Afsca (autorités belges)
- Synthèse des données scientifiques disponibles sur le COVID-19 élaborée par l’Université catholique de Louvain (lien)
- Sur la terminologie en épidémiologie : terminologie de l’AEEMA dont les termes réceptivité et sensibilité (lien) ou sur le site de l’Anses (lien)
- Liste des notifications à l’OIE d’animaux testés positives au Sars-CoV-2 (lien vers la page du site de l’OIE maintenue à jour).
- Fiche technique de l’OIE sur le SARS-CoV-2 et les animaux mise à jour en septembre 2020 (lien)
- Site de l’AEEMA regroupant des articles en lien avec la COVID-19 et les animaux (lien)
[1] Avis de l’Anses : « la présence d’ARN détecté par RT-PCR n’est pas forcément associée à la présence de particules virales infectieuses ou à une infection productive et donc, ne permet pas de conclure, à elle seule, à une infection de l’animal : une contamination passive ne peut pas être exclue »
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Post date
08/01/2021 - 09:40