Epidémiosurveillance en santé animale

Faits marquants concernant les maladies virales des poissons dans le monde en 2021 et 2022 : Point au 01/06/2022

poissons

Pour le LNR Anses : Laurent Bigarré
Pour la DGAL :  Guillaume Lefebvre
Pour l’Adilva : Nicolas Keck
Pour le comité de rédaction de la Plateforme ESA (par ordre alphabétique) :
Jean-Philippe Amat, Sophie Carles, Eric Cardinale, Julien Cauchard, Céline Dupuy, Sylvain Falala, Guillaume Gerbier, Viviane Hénaux, Renaud Lancelot, Célia Locquet, Carlène Trévennec

Auteur correspondant : laurent.bigarre@anses.fr

Cet article présente les évènements sanitaires ayant eu une importance  notable dans le monde depuis le dernier point de situation au 07/09/2021 publié sur le site de la Plateforme ESA (lien).
 

MALADIES VIRALES REGLEMENTEES DES POISSONS

Rappel de la réglementation
Dans l’Union européenne (UE), cinq maladies virales des poissons sont réglementées en application du règlement (UE) 2016/429 du 9 mars 2016 dit « Loi de santé animale ». Elles sont listées dans le règlement d’exécution (UE) 2018/1882 :
-          L’iridovirose NHE associée au virus EHNV (epizootic haematopoietic necrosis virus)
-      La rhabdovirose SHV associée au VHSV (viral haemorrhagic septicaemia virus)
-          La rhabdovirose NHI associée à l’IHNV (infectious hematopoietic necrosis virus)
-          L’anémie infectieuse du saumon, ou AIS, causée par des variants délétés dans la région hautement polymorphe du virus ISAV (infectious salmonid anemia virus).
-          L’herpesvirose de la carpe koï (KHVD)
 
La NHE n’est pas présente dans l’UE (maladie exotique); l’éradication de tout foyer est donc obligatoire. La SHV, la NHI et l’AIS sont, quant à elles, présentes en Europe et il existe des territoires indemnes selon les programmes reconnus et harmonisés en application du règlement délégué (UE) 2020/689.
L’herpesvirose ne fait plus l’objet de mesures de gestion dans le règlement de l’Union, mais elle reste une maladie à déclaration obligatoire.

 

Premiers foyers d’IHNV au Danemark

Pour la première fois, des fermes de truites arc-en-ciel ont été déclarées positives à la NHI en 2021. Au total, il y a eu 11 foyers de Mai à Septembre 2021, puis 9 foyers entre Avril et Mai 2022. L’origine de la contamination par le virus IHNV n’a pas été identifiée.  Le 2 juin 2021, le pays avait suspendu son statut non-indemne pour cette maladie, puis l’avait finalement abandonné le 10 décembre. De nombreux dossiers de déclaration de statut indemne sur une partie du territoire danois ont été depuis publiés, essentiellement concernant des compartiments indépendants du statut sanitaire des eaux environnantes.

Source: Danish Veterinary and Food administration, Juin 2021, MAJ 19 Mai 2022
https://www.foedevarestyrelsen.dk/english/Animal/AnimalHealth/Animal%20…
 

MALADIES VIRALES NON REGLEMENTEES

Surveillance de l’infection par le Piscine reovirus type 3 (PRV3) chez les salmonidés sauvages en Norvège.

Dans le cadre d’un programme global d’investigation des pathogènes de salmonidés sauvages en Norvège, des analyses ont été réalisées en 2021 afin d’estimer la prévalence du Piscine reovirus type 3 (PRV3) chez deux hôtes, les truites fario (Salmo trutta) et arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss). Le PRV3 a donc été recherché par PCR sur des prélèvements de truites provenant de milieux naturels (7 lacs) et d’élevage (11 piscicultures terrestres). Sur les onze piscicultures dans lesquels des truites ont fait l’objet de prélèvement, le virus n’a été détecté que dans une seule. Sur ce site, tous les poissons testés (n=30) étaient positifs avec des charges virales modérées ou fortes (en moyenne, Ct 21). Dans les lacs, huit truites fario, issues de quatre lacs différents, ont donné des résultats positifs. Parmi les lacs où ont été trouvées les truites positives, deux avaient été repeuplés avec des poissons issus de fermes terrestres, dont une où le virus est fortement prévalent. Il est donc plausible que certains lacs naturels aient été contaminés, via le repeuplement, avec des poissons d’élevages infectés par des virus.

Source: Garseth et al. Mars 2022, rapport technique, Norvegian Veterinary Institute
https://www.vetinst.no/overvaking/health-monitoring-of-wild-fish
 

Découverte de nouveaux virus dans un élevage de perches en Suisse

Plusieurs nouveaux virus ont été détectés simultanément, par séquençage global (Whole Genome Sequencing, WGS) d’un échantillon de 11 alevins de perches issus d’un lot de 16 000 affecté par une mortalité de 1 % par jour au cours d’une période de quarantaine. Ces animaux étaient maintenus dans une ferme suisse après avoir été importés d’Allemagne. Les symptômes incluaient de l’anorexie, de la léthargie, des hémorragies et des ulcères de la peau, ces derniers étant provoqués par un oomycète (Saprolegna parasitica). La mortalité finale a atteint 22-27 % et le lot a finalement été éliminé par précaution sanitaire. Un premier virus, nommé Egli virus (egli = perche, en suisse-allemand), a été identifié. Il fait partie du groupe des perhabdovirus, responsable de pathologies fréquentes chez les percidés. Ce virus est apparenté à un génogroupe déjà identifié en France dans les années 2000 (Pallandre et al. 2020). Par ailleurs, quatre nouveaux filovirus ont été identifiés et un nouvel hantavirus a également été trouvé, puis séquencé en entier. Une telle diversité de population virale chez des poissons malades pose la question de l’implication de chacun dans la survenue des symptômes observés sur les poissons malades.

Source: Hierweger et al. 2021, Emerging Infectious Diseases · November 2021 (lien)
 

Nouveaux cas de rhabdovirus identifiés dans des élevages de percidés en Suisse.

Lors de tests de routine, plusieurs lots de percidés (sandre et perche) ont été trouvés positifs par PCR au Perch rhabdovirus (un perhabdovirus) dans des fermes suisses. Au total, quatre échantillons ont été trouvés positifs, issus de deux fermes indépendantes, les deux ayant importé des poissons d’origine différente. L’une a importé des sandres de France et de république tchèque, tandis que l’autre a importé des œufs de perche du Danemark (pour éclosion et grossissement en Suisse). Le séquençage a montré trois souches virales différentes sur ces quatre échantillons. Chaque souche est liée à un import différent. Cette étude montre la difficulté pour la Suisse, et plus largement pour l’industrie européenne des percidés, de se procurer du matériel génétique indemne de virus. A noter que les œufs danois avaient été désinfectés, ce qui signifie que, si le virus a bel et bien été importé avec ces œufs, le traitement n’a apparemment pas été suffisant pour éliminer la charge virale. D’autre part, les sandres importés de France ont été testés dès leur arrivée dans la ferme suisse, ce qui suggère fortement, quoique qu’indirectement, la présence de perhabdovirus dans un élevage de sandres en France. Ce virus n’étant pas réglementé, il ne fait pas l’objet d’une détection obligatoire avant exportation.

Source : NRL (Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort) et Université de Bern
 

Premier foyer de mégalocytivirus en France

Les analyses réalisées suite à une morbidité constatée dans un élevage de poissons-clowns (Amphiprion sp.) en France, ont permis de mettre en évidence un mégalocytivirus détecté par une cPCR générique. Deux lots présentant des signes cliniques se sont révélés positifs. Le séquençage du produit PCR a confirmé la présence sans équivoque d’un mégalocytivirus. Les analyses ont mis en évidence une charge virale importante ce qui va dans le sens d’un lien entre la présence du virus et la morbidité observée.
Les mégalocytivirus sont des Iridoviridae (virus à ADN de grande taille) responsables de fortes mortalités sur un nombre conséquent (> 50) d’espèces de poissons marins et d’eau douce, notamment en élevage. Plusieurs espèces de mérous en Asie font partie des hôtes très sensibles. Ces virus sont présents dans de nombreux élevages piscicoles sur le continent asiatique, mais ils sont également associés à des épizooties sur le continent américain. Ils sont régulièrement détectés dans des lots de poissons exotiques importés en Europe ou en Australie en provenance de ces deux continents. Les virus de ce groupe sont d’ailleurs listés par l’OIE.
Aucune information n’est disponible sur les autres espèces de poissons présentes dans la structure concernée ; l’origine exacte du virus n’a pas été recherchée.
Ce virus représenterait un risque sanitaire certain pour d’autres espèces de poissons et pour la faune sauvage s’il était fortuitement disséminé dans l’environnement (en Méditerranée par exemple).

Source : NRL (Laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort), 2021
 

Hors Europe : Première identification du Tilapia Lake virus en Colombie
Une étude menée dans des fermes d’élevage de tilapia en 2016 et 2017 en Colombie, a permis d’identifier les premiers foyers de Tilapia lake virus (TiLV) dans le département de Cordoba. Sur sept fermes investiguées, trois ont été détectées positives au virus. Le TiLV a été détecté sur 18 des 66 poissons testés (27 %). Les poissons montraient des signes de maladie compatibles avec une infection par ce virus. Les souches virales présentaient autour de 97 % d’identité nucléique avec des souches d’Israël. Cependant, aucune hypothèse sur l’origine du virus n’est formulé par les auteurs de l’étude.

Source: http://www.veterinaryworld.org/Vol.14/April-2021/8.pdf