Epidémiosurveillance en santé animale

Résultats de la surveillance de l’influenza aviaire en France au 07/10/2016 - Synthèse de la surveillance réalisée dans le cadre de la levée de la zone de restriction

Adeline Huneau-Salaün (1), Marie-Cécile Moisson (2), Manon Hamon (2), Eric Niqueux (4), Axelle Scoizec (1), Audrey Schmitz (4), François-Xavier Briand (4), Virginie Michel (1), Alexandre Fediaevsky (2), Didier Calavas (6), Pascal Hendrikx (3), Sophie Le Bouquin (1), Anne Bronner (2)
(1) Unité Epidémiologie Anses-Ploufragan (2) DGAl  (3) Unité UCAS, Anses, Direction des laboratoires (4) Unité Virologie, Laboratoire National de Référence, Anses-Ploufragan (5), (6) Unité Epidémiologie Anses-Lyon

Points marquants

Le nombre total de foyers recensés en France depuis novembre 2015 s'élève à 101, dont 81 foyers d'IAHP et 20 foyers d'IAFP.

En synthèse, les résultats de la surveillance programmée dans le cadre de la levée de la zone de restriction sont les suivants :
- dans les exploitations de palmipèdes de démarrage et PAG : le nombre de sites d'exploitations testés1 est de 413, soit 98% (413/421) par rapport au nombre prévu  ; cette surveillance a conduit à la découverte de deux foyers d'IAFP et d'un foyer d'IAHP.
- dans les ateliers de gavage : le nombre de lots testés est de 357, soit 99% (357/359)  par rapport au nombre de lots prévu ; un seul atelier a été détecté séropositif H5.
- dans les exploitations de galliformes : le nombre d'exploitations visitées est de 395, soit 93% (395/425) par rapport au nombre prévu.; toutes les visites se sont conclues par un résultat favorable.

Désormais, les mesures de surveillance en place sont les suivantes :
- la surveillance événementielle, décrite par la note de service DGAL/SDSPA/2015-1145 du 23 décembre 2015, qui impose la déclaration de toute suspicion clinique d'influenza aviaire ;
- l'enquête sérologique annuelle, décrite par la note de service DGAL/SDSPA/2016-764 du 27 septembre 2016, qui s'inscrit dans un cadre européen, et dont une partie des actions sont ciblées dans le sud-ouest (avec un dépistage prévu de 120 ateliers de canards et 70 ateliers d'oies en production d'ici la fin de l'année).
- un suivi rapproché, défini par l’arrêté ministériel du 14 septembre 2016, des neuf ateliers de reproducteurs de palmipèdes détectés séropositifs et n'ayant pas encore été abattus, tous localisés dans le sud-ouest.

Surveillance pour la levée de la zone de restriction

La campagne de surveillance concernant la levée de la ZR a été initiée le 23 mai 2016, avec pour objectif de mettre en évidence l'absence d'une éventuelle circulation virale dans les élevages avicoles du sud-ouest, de différentes espèces et à différents stades de production.

Présentation du dispositif de surveillance

Pour les palmipèdes à l'étage de production, l'objectif était de garantir l'absence de contamination de la filière, avec une prévalence limite de 1 % et un risque d'erreur de 1 % à l'échelle du site d'exploitation pour les palmipèdes en démarrage et prégavage d'une part, et à l'échelle de l'atelier pour les palmipèdes en gavage d'autre part.
Dans les ateliers de démarrage, pour lesquels les canards partent à l'âge de 3 – 4 semaines, les prélèvements et analyses virologiques devaient être systématiques, sans prélèvement sanguin, compte tenu des délais de séroconversion ; dans les ateliers de prégavage, des prélèvements sérologiques et virologiques étaient réalisés lors de la visite. Les analyses sérologiques étaient réalisées en première intention, complétées par des analyses virologiques en cas de résultat séropositif.
Concernant la surveillance des ateliers de gavage menée à l'abattoir, la programmation du nombre de lots à prélever a été définie au niveau des abattoirs, et les prélèvements et analyses sérologiques et virologiques devaient être systématiques.
Ainsi, au sein de la ZR, 421 sites d'exploitation de palmipèdes en démarrage et prégavage devaient être visités, et 359 lots de palmipèdes en gavage devaient faire l'objet de prélèvements à l'abattoir.

Le même niveau de garantie du statut indemne - prévalence limite de 1 % au risque d'erreur de 1% à l'échelle du site d'exploitation - a été retenu pour les sites d'exploitation de galliformes situés sur une même commune qu'un atelier de palmipèdes, considérés comme plus à risque vis-à-vis de l'IA. Dans ces élevages, une visite devait être réalisée par un vétérinaire sanitaire avec une inspection clinique des animaux (à partir d'une grille permettant d'objectiver les éventuels signes cliniques observés), et des prélèvements sérologiques et virologiques étaient effectués en cas de suspicion.
Ainsi, 425 sites d'exploitation de galliformes devaient être visités et faire l'objet d'une inspection clinique.

Les exploitations de palmipèdes et de galliformes à visiter ont fait l'objet d'un tirage au sort au sein de la zone de restriction, sachant que les départements ont pu, lorsque notamment certains bâtiments n'étaient pas encore repeuplés, reporter la visite programmée sur une autre exploitation, de même type de production et si possible de la même commune. De même, le nombre de lots à prélever par abattoir était proportionnel à leur tonnage habituel. Certains abattoirs n'ayant pas repris d'emblée leur niveau d'activité initial, les départements ont été amenés dans certains cas à redistribuer les prélèvements à réaliser auprès d'autres départements.
La variabilité de pression de surveillance exercée entre les différents départements s'explique par la répartition des élevages de palmipèdes en ZR et leur différence de densité selon les départements. Ainsi, la pression de surveillance est de fait augmentée pour les départements situés dans des zones à forte densité de palmipèdes, considérées comme plus à risque vis-à-vis de l'IA.

Résultats de la surveillance conduite en ZR au 07 octobre 2016

Certains départements ont parfois réalisé plus de visites que ce qui était prévu. Afin de s'assurer de la bonne couverture géographique de la surveillance, les visites surnuméraires n'ont pas été prises en compte pour calculer les taux de réalisation.

Résultats de la surveillance en élevages de palmipèdes : ateliers de démarrage et de PAG

Du fait du décalage pouvant exister entre la date de réception des échantillons par les LDA et la date de réception des documents de suivi correspondants et indiquant le type d'analyses à effectuer, certains ateliers ont fait l'objet d'analyses à la fois en virologie et en sérologie.

D'après les résultats présentés dans le Tableau 1, le taux de réalisation est de 98% (413/421). Le taux de séropositifs est de 1,6% (5/322) et 3 foyers (2 IAFP en Pyrénées Atlantiques et 1 IAHP dans l'Aveyron) ont été détectés dans le cadre de cette surveillance. Les cinq ateliers ayant obtenu des résultats confirmés séropositifs ont fait l'objet d'investigations épidémiologiques approfondies.

Tableau 1 : Résultats de la surveillance menée dans les sites d'exploitation détenant des palmipèdes en démarrage et prégavage)

Département Séronégatif et vironégatif* Séronégatif*
Sans virologie
Vironégatif*
Sans sérologie
Séropositif
H5
Viropositif
H5
Séropositif et
Viropositif H5
Nb de sites
ayant fait l'objet
D'un dépistage
Nb de sites ayant fait
L'objet d'un dépistage,
Borné**( % réalisation)
Nombre de sites
Programmé
Ariège(09) 0 1 0 0 0 0 1 1(100%) 1
Aude(11) 0 1 1 0 0 0 2 1(100%) 1
Aveyron(12) 0 5 1 0 0 1 7 7(100%) 7
Cantal(15) 0 0 1 0 0 0 1 1(100%) 1
Corrèze(19) 0 7 0 0 0 0 7 7(100%) 7
Dordogne(24) 11 16 11 2 0 0 40 32(100%) 32
Haute-Garonne(31) 0 12 4 0 0 0 16 16(100%) 16
Gers(32) 4 65 6 1 0 0 76 76(96%) 79
Gironde(33) 1 3 0 0 0 0 4 4(100%) 4
Landes(40) 25 65 71 0 0 0 161 150(100%) 150
Lot(46) 1 13 2 0 0 0 16 16(100%) 16
Lot-et-Garonne(47) 4 7 7 1 0 0 19 19(95%) 20
Pyrénées-Atlantiques(64) 1 40 6 0 1(seroneg) 1 49 49(98%) 50
Hautes-Pyrénées(65) 0 10 1 0 0 0 11 11(100%) 11
Tarn(81) 3 14 0 0 0 0 17 11(100%) 11
Tarn-et-Garonne(82) 2 4 4 1(vironeg) 0 0 11 11(85%) 13
Haute-Vienne(87) 0 0 1 0 0 0 1 1(50%) 2
Total 52 263 116 5 1 2 439 413(98%) 421

 *Vis  à vis de H5 et de H7
** Certains départements ont parfois réalisé plus de visites que ce qui était prévu. Afin de s'assurer de la bonne couverture géographique de la surveillance, les visites surnuméraires n'ont pas été prises en compte pour calculer les taux de réalisation.

 

Résultats de la surveillance à l'abattoir : ateliers de palmipèdes en gavage

D'après les résultats présentés dans le Tableau 2, le taux de réalisation est de 99% (357/359). Un seul lot était séropositif H5.

Aucun foyer n'a été détecté dans le cadre de cette surveillance.
 

Tableau 2  : Résultats de la surveillance chez les palmipèdes en gavage, selon le département siège de l'abattoir (lieu de prélèvement).

Département du
Maître d'oeuvre
Séronégatifs
et vironégatifs*
Vironégatifs*
Sans sérologie
Séropositif
H5
Nombre total de lots
ayant fait l'objet
D'un dépistage
Nombre total de lots
ayant fait l'objet d'un dépistage,
Borné**( % réalisation)
Nombre total de
Lots à dépister
Ariège (09) 0 0 1 1    
Dordogne (24) 37 8 0 45 45(98%) 46
Gers (32) 51 15 0 66 66(100%) 66
Landes (40) 87 11 0 98 98(99%) 99
Lot (46) 27 3 0 30 30(100%) 30
Lot-et-Garonne (47) 0 1 0 1    
Pyrénées-Atlantiques (64) 54 6 0 60 60(100%) 60
Hautes-Pyrénées (65) 53 5 0 58 58(100%) 58
Haute-Vienne (87) 2 0 0 2    
Total 311 49 1 361 357(99%) 359

 * Vis  à vis de H5 et de H7
** Certains départements ont parfois réalisé plus de visites que ce qui était prévu. Afin de s'assurer de la bonne couverture géographique de la surveillance, les visites surnuméraires n'ont pas été prises en compte pour calculer les taux de réalisation.

Résultats de la surveillance dans les élevages de galliformes

Les inspections cliniques de l'ensemble des sites visités se sont révélées favorables (Tableau 3). Le taux de visites avec conclusion est de 93% (395/425).
Le taux de visites défavorables est de 0% et aucun foyer n'a été détecté dans le cadre de cette surveillance.

Tableau 3 : Résultats de la surveillance menée dans les élevages de galliformes à l'échelle du site d'exploitation

Département Nombre de
Sites visités
Total borné
(%réalisation)
Nombre de sites
Programmés
Dordogne(24) 45 34(100%) 34
Gironde(33) 5 4(100%) 4
Landes(40) 95 95(79%) 121
Lot-et-Garonne(47) 34 34(100%) 34
Pyrénées-Atlantiques(64) 57 57(98%) 58
Aude(11) 5 3(100%) 3
Corrèze(19) 13 8(100%) 8
Haute-Vienne(87) 6 6(100%) 6
Ariège(09) 3 3(100%) 3
Aveyron(12) 11 11(100%) 11
Haute-Garonne(31) 18 18(100%) 18
Gers(32) 146 62(100%) 62
Lot(46) 10 10(100%) 10
Hautes-Pyrénées(65) 13 13(81%) 16
Tarn(81) 18 18(100%) 18
Tarn-et-Garonne(82) 42 19(100%) 19
Total 521 395(93%) 425

* Certains départements ont parfois réalisé plus de visites que ce qui était prévu. Afin de s'assurer de la bonne couverture géographique de la surveillance, les visites surnuméraires n'ont pas été prises en compte pour calculer les taux de réalisation.

Hypothèses sur l’origine des derniers foyers

A la suite des quatre foyers IAHP et des trois foyers IAFP détectés entre le 15 juillet et le 16 août 2016, une évaluation externe des causes probables de contamination a été demandée à l’Anses.
L'avis n° 2016-SA-186 rendu le 11 octobre relatif à la « la détermination de l’origine des foyers d’influenza aviaire survenus dans des exploitations de volailles assainies » indique les facteurs de risque mentionnés ci-dessous, qui feront l’objet d’une attention particulière lors des campagnes d’inspection et de sensibilisation.

Les conclusions de l’avis concernant les hypothèses de contamination des foyers concernés par la demande sont les suivantes :
« L’analyse des sept foyers a permis d’identifier des élevages en lien épidémiologique infectés (déclarés foyer) ou ayant eu une circulation d’un virus H5 (ex : sérologie positive vis-à-vis d’un virus IA H5). Ainsi, malgré la période de vide et l’assainissement réalisés, mais aussi les mesures de biosécurité mises en place, des virus IA semblent continuer à circuler d’un élevage à l’autre. Il convient de noter que le contrôle des liens épidémiologiques a permis de mieux comprendre la situation épidémiologique et de détecter effectivement des foyers qui auraient pu passer inaperçus.

Cette analyse a fait ressortir comme hypothèses de contamination très probables :

  • l’introduction de volailles infectées (en provenance d’une structure infectée ou via le transport) dans trois cas
  • le personnel (en tant que vecteur mécanique), impliqué dans deux foyers liés notamment par ce biais
  • la présence de matière infectieuse résiduelle sur l’exploitation, liée à la qualité du N/D et à la gestion des effluents (parcours non incriminés) dans un cas
  • le voisinage dans un cas

Elle a fait ressortir comme hypothèses de contamination moyennement probables :

  • la présence de matière infectieuse résiduelle sur l’exploitation dans trois cas : la gestion du nettoyage et de la désinfection est incriminée dans 2 cas, les bâtiments dans 2 cas, la gestion des effluents dans 1 cas et les parcours dans 1 cas.
  • le personnel (en tant que vecteur mécanique) dans deux cas
  • les véhicules dans un cas
  • le maintien de volailles infectées (via le maintien d’une bassecour sur l’exploitation) dans un cas
  • le matériel en commun dans un cas.

Dans le cadre de cette analyse, la faune sauvage joue très probablement un rôle faible, possiblement de vecteur mécanique d’un virus IA. Le risque d’introduction lié à la faune sauvage infectée a pu être exclu compte tenu de la période et de la zone géographique d’apparition des foyers. Il convient néanmoins de ne pas négliger ce risque d’introduction en période et en zone de migration.
L’hypothèse liée à la présence d’animaux domestiques autres que des volailles a été écartée, les ruminants ne pouvant être infectés par les IA. L’infection due à un IA chez le chien, sans pouvoir être totalement exclue, reste rarissime. »

De plus , « cet AST a permis la mise au point d’un outil générique de recensement et de hiérarchisation des hypothèses de contamination des élevages par des virus IAHP et FP pouvant être utilisé dans le cadre de l’épisode actuel par les principaux intervenants en élevage (notamment les DDPP), pour qui il peut constituer un outil d’aide à la gestion des foyers ».