PLATEFORME ESA

Epidémiosurveillance en santé animale

Etat des connaissances sur la COVID-19 et les animaux : Mise à jour au 24/03/2021

Version initiale : 20/04/2020. Dates des précédentes mises à jour : 26/05/2020, 09/06/2020, 24/06/2020, 07/07/2020, 21/07/2020, 28/07/2020, 09/09/2020, 28/09/2020, 13/11/2020, 31/11/2020, 05/01/2021

 

COVID-19 et animaux

  • Le virus SARS-CoV-2 est un coronavirus qui était inconnu avant 2019, distinct de ceux connus pour circuler chez les animaux domestiques (Source : Scicom, 2020).
  • La principale voie de transmission du COVID-19 est d’humain à humain (Source : OIE Q/R mise à jour le 22/01/2021, avis Anses du 09/03/2020, avis Anses du 16/10/2020). Les cas de contamination et/ou d’infection des animaux de compagnie sont sporadiques et isolés au regard de la circulation du virus chez l’Homme.
  • Les animaux domestiques et sauvages ne jouent pas un rôle épidémiologique dans le maintien et la diffusion du SARS-CoV-2 (avis anses actualisé au 16/10/2020, CDC au 10/02/2021, FAQ OIE au 22/01/2021, Anses le 11/03/2020).
  • Les animaux domestiques (de compagnie ou d’élevage) peuvent être considérés comme un cul-de-sac épidémiologique pour le SARS-CoV-2 dans l’état actuel des connaissances (Source : Scicom, 2020). Il n’existe à ce jour aucune preuve scientifique de transmission du SARS-CoV-2 d’un animal domestique à l’Homme (avis Anses du 16/10/2020).
  • Il n'est à ce jour pas justifié de prendre des mesures à l'encontre des animaux de compagnie qui pourraient compromettre leur bien-être (Source : avis Anses du 16/10/2020, OIE le 22/01/2021).
  • Concernant les élevages de la faune sauvage captive, des élevages de visons (Neovison vison) ont été détectés infectés au SARS-CoV-2 (positifs en RT-PCR et/ou sérologie) aux Pays-Bas fin avril 2020 puis au Danemark mi-juin, en Espagne début juillet, aux Etats-Unis et en Italie en août, en Suède en octobre, puis en Grèce, en France, en Pologne et en Lituanie en novembre, et au Canada en décembre. Par mesure de précaution et afin d’éviter toute mutation du virus SARS-CoV-2, les autorités néerlandaises, danoises, espagnoles et, françaises ont décidé d’abattre l’ensemble des visons des élevages infectés. Les autorités danoises ont mis en œuvre un abattage total du cheptel national. Les autorités américaines, canadiennes et suédoises ne mettent pas en place d’abattage des exploitations atteintes.
  • Potentiel zoonotique : le vison est le seul animal identifié à ce jour de façon certaine comme pouvant à la fois être infecté par le virus SARS-CoV-2 et recontaminer l'Homme. De nombreux changements sur le variant « vison » ont été identifiés (35 substitutions et 4 délétions possibles sur la protéine Spike). Une co-circulation significative chez l’Homme et chez le vison a été observée dans une zone à forte densité d’élevages de visons (Nord-Jutland au Danemark). Le variant « Cluster 5 » est associé à une baisse de réponse immunitaire. Au 24/03/2021, il ne semble plus circuler (Source : Eurosurveillance le 04/02/2021, Oude Munnink et al. 2021; Hammer et al. 2021)

Pour la Plateforme ESA (par ordre alphabétique) : Jean-Philippe Amat (Anses), Sophie Carles (INRAE), Julien Cauchard (Anses), Céline Dupuy (Anses), Florence Etoré (Anses), Guillaume Gerbier (DGAl), Viviane Hénaux (Anses), Elissa Khamisse (Anses), Yves Lambert (DGAl), Renaud Lancelot (Cirad), Sophie Lepoder (Anses), Elodie Monchâtre-Leroy (Anses), Carlène Trevennec (INRAE)

Avec l’appui de Laura Gonzalez-Tapia pour la représentation de la Figure 1 

Auteur correspondant : karen.trevennec@cirad.fr

Compte tenu de l’évolution du site internet WAHIS de l’OIE, les liens vers les notifications officielles ne sont pas encore tous transférés. L’historique des notifications jusqu’au 22/03/2021 peut être consulté sur le Portail Covid-19 de l’OIE (lien) et les notifications récentes peuvent être consultées sur le nouveau site WAHIS (lien).

Contexte

Le virus SARS-CoV-2 est un virus enveloppé à ARN de la famille des coronavirus (genre bêtacoronavirus). Il est responsable de la maladie COVID-19 chez l’Homme (OMS, 2020). Le virus a probablement une origine animale via une espèce de chauve-souris (genre Rhinolophus) avec ou sans intervention d’un hôte intermédiaire (avis Anses, OIE, Shi et al., 2020). L’origine exacte du virus n’est pas encore connue (Andersen, 2020). Ce virus est distinct des bêtacoronavirus connus pour circuler chez les animaux domestiques (absence de lien génétique direct et sous-genres différents) (Scicom, 2020, avis Anses). Les principaux coronavirus rencontrés chez les animaux domestiques sont inventoriés dans l’avis de l’Anses du 14/04/2020.

La voie principale de transmission du SARS-CoV-2 est interhumaine (Bernard Stoecklin et al. 2020 ; Guan et al. 2020, OIE). Toutefois, des interrogations ont émergé concernant le rôle potentiel que pourraient jouer les animaux domestiques dans la transmission du virus à l’Homme, depuis le premier signalement à l’OIE d’un chien positif en RT-PCR au SARS-CoV-2, mis en quarantaine par les autorités de Hong Kong le 26/02/2020 (notification OIE du 29/02/2020 et cf. encadré 1).

En réponse à une saisine en urgence de la Direction générale de l’alimentation sur le rôle potentiel des animaux domestiques (animaux de rente et de compagnie) dans la propagation du virus SARS-CoV-2, l’Anses a réuni un groupe d’experts ad hoc et publié un avis le 09/03/2020 sur cette question, qui a été complété le 14/04/2020 (avis Anses), puis actualisé le 16/10/2020 (lien). Le comité scientifique auprès de l’Afsca (agence sanitaire belge) a également rendu un avis le 22/03/2020 (Scicom, 2020) puis le 22/01/2021 (Scicom, 2021), tout comme un groupe d’experts néerlandais le 16/04/2020 (Source : courrier OIE).Une synthèse des données bibliographiques relatives à l’infection du SARS-CoV-2 de différentes espèces animales est disponible aux pages 18-19 du rapport de l’Anses actualisé le 16/10/2020.

Obligation de déclaration

Le SARS-CoV-2 est une maladie émergente, définie selon le Code sanitaire pour les animaux terrestres de l'OIE comme "une nouvelle apparition chez un animal d'une maladie, d'une infection ou d'une infestation, ayant des répercussions significatives sur la santé animale ou humaine et résultant : 1. de la modification d'un agent pathogène connu ou de sa propagation à une nouvelle aire géographique ou à une nouvelle espèce, ou 2. d'un agent pathogène non identifié antérieurement ou d'une maladie diagnostiquée pour la première fois". Les États membres de l'OIE sont tenus de notifier la détection d'une maladie émergente conformément au Code sanitaire pour les animaux terrestres (lien).

En Europe, il est obligatoire depuis le 22/12/2020 pour les États membres de l’Union européenne de déclarer à la Commission européenne dans les trois jours suivant leur confirmation les cas d’infection par le SARS-CoV-2 sur des mustélidés (furets, putois, visons, martres, fouines, belettes, hermines, blaireaux, loutres, …) ou des chiens viverrins (Nyctereutes procyonoides), espèce sensible à l’infection expérimentale et également élevée pour sa fourrure. (Source : Journal Officiel 22/12/2020)

L’OIE tient à jour le décompte des cas d’infection du SARS-CoV-2 chez l’animal. Au 24/03/2021, vingt-sept pays avaient déclaré des cas ou des foyers de SARS-CoV-2 chez l’animal (Source :Portail COVID-19 OIE au 24/03/2021). Le point sur les connaissances actuelles sur la réceptivité et la sensibilité des animaux est illustré dans la Figure 1.

Rôle des animaux

Animaux de compagnie

Des résultats positifs par RT-PCR au SARS-CoV-2 ont été signalés suite à l’analyse d’écouvillons oraux ou nasaux d’animaux de compagnie en contact étroit avec leur propriétaire atteint de la COVID-19. Ce type de test permet de mettre en évidence la contamination des animaux mais ne peut confirmer ni leur infection, ni leur infectiosité. Cent vingt-sept animaux de compagnie ont été détectés, listés ci-dessous par ordre chronologique des continents touchés (Encadrés 1 à 4) :

  • Asie : Hong Kong (dix chiens, huit chats), Japon (quatre chiens, deux chats) et Corée du Sud (un chat)
  • Europe : Belgique (cinq chats), Allemagne (un chat), France (deux chats), Suisse (quatre chats), Royaume-Uni (un chat), Espagne (un chat, six furets de chasse au lapin découverts dans le cadre d’un projet de recherche), Russie (un chat), Lituanie (un chat), Estonie (un chat), Danemark (un chien en lien avec un élevage de vison positif), Italie (un chien et un chat), Bosnie-Herzégovine (un chien), Slovénie (un furet domestique)
  • Amérique du Nord et Centrale : USA (33 chats et dix-neuf chiens, dont un chien et un chat infectés par le variant britannique) et Mexique (six chiens).
  • Amérique du Sud : Chili (trois chats), Brésil (cinq chiens), Argentine (huit chiens et quatre chats)

Le dépistage des animaux de compagnie ayant été en contact avec des personnes confirmées positives au SARS-CoV-2 n’est pas systématique dans tous les pays, mais il est recommandé (Source : Commission Européenne 21/01/2021). Les autorités de Hong-Kong, du Japon, des Etats-Unis, de Lituanie et de Bosnie Herzégovine ont mis en place un protocole de surveillance renforcée des carnivores domestiques en contact avec des cas humains de COVID-19 demandant la réalisation de prélèvements sur ces animaux. Au Royaume-Uni, en France, en Suisse, au Brésil et au Chili, des prélèvements sont réalisés dans le cadre de projets de recherche (PetCovid-19 au Brésil, COVIDAC en France). La définition du cas confirmé dépend du pays dans lequel le test de dépistage est réalisé (RT-PCR ou sérologie). Il n’est ainsi pas pertinent de comparer les nombres de cas selon les pays.

Une étude sérologiques menée sur des animaux de compagnie (chats et chiens) dont les propriétaires ont été atteints par la COVID-19, a permis d’estimer le taux d’infection entre 21% et 53% (cohorte de 47 animaux )(Fritz et al. 2020).

Une étude des cas référés pour myocardite aigüe au Ralph Veterinary Referral Center au Royaume Unis a révélé que le variant britannique B.1.1.7 pouvait infecter des chiens et des chats, avec un tableau clinique atypique, caractérisé par l’absence de signes respiratoires primaires (Ferasin et al. 2021). Le variant britannique a été également confirmé officiellement pour la première fois chez un chien et un chat testés le 12/02/2021 aux Etats-Unis, dans l’Etat du Texas (Source : Promed le 16/03/2021)

En l’état actuel des données existantes, il n’y a pas de preuve que les animaux de compagnie jouent un rôle significatif dans la propagation du virus (Source : communiqué des autorités de Hong Kong au 26/03/2019, Thiry, 2020,ECDC le 25/01/2021, CDC le 10/02/2021). Le comité scientifique belge a également indiqué dans son avis en date du 22/03/2020 que les animaux domestiques (incluant les animaux de compagnie) peuvent être considérés comme un cul-de-sac épidémiologique pour le SARS-CoV-2 dans l’état actuel des connaissances (Source : Scicom, 2020). Les connaissances actuelles sur la réceptivité et la sensibilité des animaux de compagnie sont résumées dans l’encadré 7.

Animaux domestiques d’élevage

A ce jour le virus SARS-CoV-2 n’a pas été mis en évidence sur des animaux d’élevage domestiques en condition naturelle (hors vison). Toutefois, l’OIE a recommandé dans un rapport du 05/11/2020 de limiter les contacts entre les chauves-souris (genre Rhinolophus) et les animaux de rente, étant donné le rôle potentiel de cette espèce dans l’émergence du virus (Source : guide OIE au 05/11/2020). Dans ce rapport, l’OIE conclut également que le risque de transmission du SARS-CoV-2 de l’Homme à l’animal est faible chez les lapins (une seule étude) et négligeable pour les volailles, porcs et bovins (une seule étude) (Source : guide OIE au 16/11/2020). L’étude du tropisme du virus SARS-CoV-2 au niveau d’explants trachéaux et pulmonaires de bovins et d’ovins a montré une réplication efficace du virus (mais pas chez les porcins)(Di Teodoro et al. 2021). Les connaissances actuelles sur la réceptivité et la sensibilité des animaux domestique d’élevage sont indiquées dans l’encadré 7.

Animaux de la faune sauvage captive

  • Vison

Les visons (Neovison vison, aussi appelé vison d’Amérique) sont des animaux d’élevage non domestiques (faune sauvage captive). Le vison appartient à la famille des mustélidés qui regroupe également le furet, la belette, le blaireau, la loutre ou la marte (55 espèces au total). Le vison est élevé pour sa fourrure dans des visonnières.

C’est un animal réceptif et sensible à l’infection par le SARS-CoV-2 (OIE 2021; Hammer et al. 2021; Oude Munnink et al. 2021). De multiples introductions du virsu dans les exploitations de visons ont été constatées dans onze pays d’Europe et d’Amérique :

Au 24/03/2021, 423 exploitations de visons ont été confirmées positives au SARS-CoV-2 par RT-PCR. Par ordre de détection des premiers cas : aux Pays-Bas (69 sites), au Danemark (290 sites), en Espagne (trois sites), aux Etats-Unis (dix-sept sites), en Suède (treize sites), en Italie (un site), en Grèce (vingt-deux sites), en France (un site), en Pologne (deux sites), en Lituanie (trois sites) et au Canada (deux sites) (Encadré 5).

Après introduction dans une exploitation de visons, le virus SARS-CoV-2 se propage facilement par voie aérienne. L’infection provoque des signes respiratoires et une hausse de la mortalité peut être observée. Une absence de signes cliniques peut être également constatée malgré une haute séroprévalence (pour plus de détail sur le site de l’université Wageningen). La propagation à d’autres exploitations est possible via le personnel infecté (éleveur, soigneur, vétérinaire). Selon les exploitations, les effectifs de visons peuvent être élevés (plusieurs milliers d’individus) et le cycle de production est court (abattage de la majorité du cheptel pour récolte des fourrures). La densité et le renouvellement annuel de la population sont deux facteurs clés en faveur de nombreux cycles réplicatifs ainsi que d’évolution génétique du virus (Source : Scicom, 2021).

La première détection dans une exploitation de visons date du 23/04/2020 aux Pays-Bas. Suite aux investigations épidémiologiques menées, une contamination inter-visons a été suspectée mais l’université Wageningen indiquait alors que le risque que le vison agisse comme réservoir du SARS-CoV-2 était faible (Encadré 5). Le ministère de l’agriculture des Pays-Bas avait indiqué que le passage du SARS-CoV-2 du vison à l’Homme serait plausible pour expliquer l’infection de deux employés dans deux des quatre premières fermes d’élevage de visons détectées positives sans que cela n’ait toutefois été formellement démontré. Les autorités néerlandaises se basaient sur des similitudes de séquençage génomique entre le virus présent chez les visons et ceux retrouvés chez ces deux employés (Source : Promed du 20/05/2020 et du 26/05/2020) ainsi que sur la chronologie des symptômes chez les visons puis chez les deux personnes malades. Dans un avis du 03/06/2020, le comité consultatif de coordination administrative pour les zoonoses (BAO-Z) et l’équipe de gestion des épidémies zoonotiques (OMT-Z) néerlandais ont indiqué que, sans mesure particulière, le virus pourrait continuer à circuler dans les élevages de visons pendant une longue période ce qui pourrait représenter un risque pour la santé publique. Ceci a motivé les autorités néerlandaises à décider l’abattage total des animaux des sites détectés contaminés pour limiter le risque de mutation du virus et la mise en place d’un système de surveillance programmée dans toutes les exploitations de visons avec la réalisation de prélèvements hebdomadaires.

Les autorités espagnoles et danoises ont pris une décision similaire d’abattage total des élevages infectés. Les États-Unis n’ont pas opté pour une stratégie d’abattage des élevages positifs (Encadré 5). Le 27/01/2021, la Suède a annoncé interdire la production de visons sur son territoire pour le reste de l'année 2021, par mesure de précaution (Source : Reuters Stockholm le 27/01/2021).

Le 20/07/2020, le BAO-Z et l’OMT-Z avaient complété leur précédent avis sur les conséquences possibles de l’infection d’exploitations de visons. L’origine de la contamination des premiers élevages de visons serait liée à la période de sevrage et de vaccination, avec des manipulations qui avaient été alors réalisées sans masque (avant mise en place des mesures préventives). Suite à la survenue de nouveaux cas en août 2020, indiquant un défaut d’efficacité des mesures préventives mises en œuvre (Source : site autorités néerlandaises au 20/07/2020), le BAO-Z et l’OMT-Z ont modifié leur avis le 24/08/2020 recommandant d’accélérer la fin de l’élevage de visons dans le pays. Suite à cet avis, les autorités néerlandaises ont proposé une évolution de la réglementation pour mettre en place un arrêt de cette activité en mars 2021 (au lieu de 2024). Dans l’intervalle, les mesures de surveillance et de prévention ainsi que le contrôle de leur respect ont été renforcés (lettre au parlement du 28/08/2020,site des autorités néerlandaises au 02/09/2020, article média du 27/08/2020).

Ainsi, la source de contamination est, dans six des neuf pays européens concernés (tous sauf l’Italie, la Grèce et la France), certainement liée à des employés qui ont présenté des symptômes de la COVID-19. Pour l’Italie l’origine de la contamination n’est pas connue et l’hypothèse d’un défaut de spécificité du test est avancée. Pour la France et la Grèce des investigations sont en cours ; les investigations en France laissent présager une origine humaine très probable de la contamination d’un élevage de visons (Source : communiqué de presse en date du 09/12/2020).

Suite à l’augmentation des foyers en élevage de visons et aux résultats d’enquêtes suggérant des variations génétiques/antigéniques du SARS-CoV-2, l’OIE a publié des recommandations pour limiter les risques de transmission de l’Homme à l’animal. Ceci est lié à des craintes que certaines espèces puissent devenir des réservoirs du virus (Source : guide OIE au 16/11/2020). De même le Global Early Warning Systems (GLEWS+, initiative conjointe FAO-OIE-OMS) a publié un rapport d’évaluation des risques le 20/01/2021.

Le risque de transmission du SARS-CoV-2 de l’Homme aux mustélidés (dont les visons) est élevé. Il varie cependant selon les continents à cause du nombre d’élevages de visons, du niveau de biosécurité des exploitations, et de la prévalence du SARS-CoV-2 dans les élevages de visons et dans la population humaine : élevé en Europe, modéré en Amérique et en Asie, faible en Afrique (Source : guide OIE au 16/11/2020, GLEWs+ Risk assessment 20/01/2021). Sur la base de l’enquête épidémiologique menée aux Pays-Bas et des similarités de séquences génomiques du virus isolé chez l’Homme et chez le vison, l’OIE conclut que le risque de transmission des visons à des personnes en contact direct avec eux est élevé (Source : guide OIE au 16/11/2020, GLEWs+ Risk assessment le 20/01/2021). Ce risque est négligeable entre des visons et des personnes vivant en périphérie des exploitations de visons (Source : guide OIE au 16/11/2020, Scicom, 2021). Même si des chiens et des chats asymptomatiques ont été détectés positifs au SARS-CoV-2 après avoir été en contact avec des visons atteints, l’OIE conclut que, malgré un risque élevé de transmission des visons aux chiens et chats, le risque de transmission de ces chiens et chats à l’Homme est considéré comme faible (Source :guide OIE au 16/11/2020). Au regard des résultats de tests réalisés sur des échantillons d’air, une propagation en dehors des bâtiments d’élevage est peu probable (Source : Scicom, 2021) . Le risque de transmission d’une exploitation de visons à une autre via des mouvements de visons ou de personnels est considéré comme élevé par l’OIE, ce risque est considéré comme faible à moyen via le transport de carcasses ou de produits issus d’animaux atteints (peaux) (Source : guide OIE au 16/11/2020). Le risque que le vison puisse devenir un réservoir du SARS-CoV-2 n’est pas à négliger dans les zones de fortes densités d’élevages de visons d’après l’OIE et l’Anses (Source : guide OIE au 16/11/2020, avis anses actualisé au 16/10/2020). L’épizootie aux Pays-Bas et au Danemark a montré que des visons infectés par le SARS-CoV-2 pouvaient être à l’origine de nouvelles infections humaines. Un nouveau variant issu du vison a été détecté dans la population locale (Oude Munnink et al. 2021; Hammer et al. 2021). Le risque d’infection du vison vers la population générale est qualifié d'élevé en Europe, modéré en Amérique et Asie, et faible en Afrique GLEWs+ Risk assessment 20/01/2021)  (Encadré 5).

Dans son rapport du 20/01/2021, le GLEWS+ estime qu’il existe un risque de contamination de la faune sauvage libre, par des visons échappés (période d’abattage). Ce risque est évalué élevé en Europe, modéré en Amérique et Asie, et faible en Afrique. Cette évaluation tient compte de la densité des exploitations, de la diversité des espèces présentes (élevées pour la fourrure mais aussi mustélidés et animaux de compagnie) et du niveau de biosécurité (Source : GLEWs+ Risk assessment 20/01/2021).

  • Parcs zoologiques

Depuis avril 2020, des cas de détection du SARS-CoV-2 ont été confirmés sur dix espèces sauvages captives dans les zoos, de cinq pays, ici classés par ordre d’apparition des premiers cas (détail encadré 6) :

  • USA (sept Etats) : tigre (Panthera tigris), lion (Panthera leo), panthère des neiges (Panthera uncia), puma (Panthera concolor) et gorille (Gorilla gorilla);
  • Afrique du Sud : puma (Panthera concolor)  ;
  • Espagne : lion (Panthera leo) ;
  • Suède : tigre (Panthera tigris);
  • Argentine : puma (Panthera concolor).

A noter que le cas du Gorille confirmé aux USA est le premier cas d’infection connu sur grand singe (encadré 6).

Animaux de la faune sauvage non captive

L’USDA a confirmé la détection d’un premier cas positif au SARS-CoV-2 par RT-PCR sur un vison sauvage aux USA dans l’Utah. L’animal a été détecté via un dispositif de surveillance mis en place autour des exploitations de visons d’élevage détectées positives au SARS-CoV-2. Les séquençages réalisés sur le vison sauvage et les visons d’élevage n’ont pas montré de différences entre les souches (Source : Promed au 13/12/2020). Aucun autre cas n’a été notifié dans le monde sur un vison sauvage.

Animaux de la faune sauvage en conditions expérimentales

L’OIE tient à jour une liste des espèces réceptives (dernière mise à jour janvier 2021). L’Anses publie également un avis relatif au rôle épidémiologique éventuel de certaines espèces animales dans le maintien et la propagation du virus SARS-CoV-2 (dernière mise à jour octobre 2020). La Figure 1 représente les modalités de transmission du SARS-CoV-2 chez l’animal et l’Homme à partir des données de cas notifiés et connaissances scientifiques.

Des études ont permis de mettre en évidence la réceptivité et la sensibilité d’espèces animales sauvages, par inoculation. Concernant les primates, la réceptivité du macaque rhésus (Macaca mulatta), macaque crabier (Macaca fascicularis) et du Marmouset commun (Callithrix jacchus) a été démontrée (Munster et al. 2020; Finch et al. 2020; Lu et al. 2020).

Des espèces péridomestiques en Amérique du Nord peuvent excréter le virus sans signe clinique : souris à pattes blanches (Peromyscus maniculatus), rat à queue touffue (Neotoma cinerea), et mouffette rayée (Mephitis mephitis). D’autres espèces ont montré une absence de réceptivité à la souche originelle du SARS-CoV2 : souris grise (Mus musculus), écureuil fauve (Sciurus niger), chien de prairie (Cynomys ludovicianus), lapin à queue blanche (Sylvilagus floridanus) (Bosco-Lauth et al. 2021).

L’inoculation du SARS-CoV-2 au Cerf de Virginie (Odocoileus virginianus) a révélé sa réceptivité et sa capacité à transmettre naturellement le virus à des congénères (Palmer et al. 2021).

La souris grise (Mus musculus) est cependant réceptive à certains VOCs (Variants of Concern), porteurs de la mutation N501Y sur la glycoprotéine Spike, en particulier la souche sud-africaine linéage B.1.351 (20H/501Y.V2) et la souche P1 (20J/501Y.V3) présente dans la région de Manaus au Brésil. (Montagutelli et al. 2021). De même, le hamster doré (Mesocricetus auratus)

 est sensible (perte de poids et lésions pulmonaires) au VOC-202012/01, dit linéage B.1.1.7 ou variant britannique (Mohandas et al. 2021).

L’encadré 7 présente l’état des connaissances et les questionnements qui nécessiteraient des études scientifiques pour y répondre.

Conclusion

La pandémie de COVID-19 est le résultat d'une transmission d'humain à humain (Source : OIE au 22/01/2021, avis Anses actualisé au 16/10/2020). Les cas de contamination et/ou d’infection des animaux domestiques restent sporadiques et isolés, alors que le virus circule largement dans la population humaine (avis Anses le 14/04/2020). Il n’existe actuellement aucune preuve scientifique quant à la transmission du SARS-CoV-2 d’un animal domestique infecté à l’Homme. La transmission du SARS-CoV-2 de l’Homme à une espèce animale domestique semble rare (et liée à une promiscuité animal-Homme importante en milieu clos ou confiné) et une circulation du virus des animaux domestiques vers l’Homme semble actuellement peu probable (avis Anses le 14/04/2020, avis Anses actualisé au 16/10/2020). Il est recommandé aux personnes atteintes de la COVID-19 qui détiennent des animaux de compagnie d’appliquer les principes de base en matière de bonnes pratiques d’hygiène (encadré 8) mais il n'est pas justifié de prendre des mesures à l'encontre des animaux de compagnie, qui pourraient par ailleurs compromettre leur bien-être (OIE). Les gestes barrières doivent en particulier être strictement appliqués par les propriétaires de furets ou de hamsters de compagnie, ces deux espèces étant particulièrement réceptives et sensibles au SARS-CoV-2.

Les épizooties dans les visonnières aux Pays-Bas et au Danemark ont révélé le potentiel zoonotique du SARS-CoV-2. La transmission du SARS-CoV-2 de l’Homme au vison, puis de retour à l’Homme est avérée. Elle a été initiée dans les zones à forte densité d’élevage (Oude Munnink et al. 2021). Compte tenu de la prévalence du SARS-Cov-2 dans la population humaine, le risque d’infection des élevages de visons est considéré comme élevé en Europe (Source : GLEWs+ Risk assessment le 20/01/2021,EFSA le 29/01/2021). Les stratégies de surveillance doivent avoir pour objectif la détection précoce de l’introduction du SARS-Cov-2 dans les élevages. Ceci inclut une surveillance de type événementielle sur tout le territoire et une surveillance programmée. L’EFSA recommande que chaque unité administrative organise le dépistage hebdomadaire et aléatoire des animaux (prévalence attendue 5 %) et le dépistage systématique des animaux morts ou malades. Pour les exploitations confirmées, il est recommandé d’effectuer un séquençage du virus. Le dépistage du personnel d’élevage est recommandé (Source : EFSA le 29/01/2021, Commission Européenne le 11/02/2021 ). En France, seuls trois élevages de visons sont en activité, une surveillance programmée est recommandée, basée sur un dépistage sérologique sur animaux vivants et virologique sur les cadavres (Source : avis Anses le 18/02/2021).

Représentation des modalités de transmission du SARS-CoV-2 chez l’animal et l’Homme

Figure 1 : Représentation des modalités de transmission du SARS-CoV-2 chez l’animal et l’Homme à partir des données de cas notifiés et des connaissances scientifiques au 24/03/2021.



Pour en savoir plus

  • Page d’information du site internet de l’Anses relative au COVID-19
  • Questions/réponses sur le COVID-19 du Site web OIE
  • Questions/réponses sur le coronavirus de l’Afsca (autorités belges)
  • Synthèse des données scientifiques disponibles sur le COVID-19 élaborée par l’Université catholique de Louvain (lien)
  • Sur la terminologie en épidémiologie : terminologie de l’AEEMA dont les termes réceptivité et sensibilité (lien) ou sur le site de l’Anses (lien)
  • Liste des notifications à l’OIE d’animaux testés positives au Sars-CoV-2 (lien vers la page du site de l’OIE maintenue à jour).
  • Fiche technique de l’OIE sur le SARS-CoV-2 et les animaux mise à jour en janvier 2021 (lien)
  • Site de l’AEEMA regroupant des articles en lien avec la COVID-19 et les animaux (lien)

Références bibliographiques

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Encadré 1 : Carnivores domestiques positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 en Asie


Hong Kong
Cas numéro 1 : chien de race Loulou de Poméranie de 17 ans

Le 29/02/2020, un signalement a été fait à l’OIE par les autorités de Hong Kong concernant un chien placé sous quarantaine le 26/02/2020 suite à l’hospitalisation de son propriétaire infecté par le SARS-CoV-2. Ce chien, asymptomatique, a présenté les 26/02, 28/02, 02/03, 05/03 et 10/03/2020 des résultats faiblement positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 sur des échantillons nasaux et oraux. Les résultats d’isolement viral se sont finalement avérés négatifs (notification immédiate OIE du 01/03/2020, rapport de suivi du 09/03/2020, rapport de suivi du 16/03/2020, communiqué de presse autorités de Hong Kong du 04/03/2020, communiqué de presse autorités de Hong Kong du 26/03/2020).

La mise en évidence uniquement de la présence de l’ARN du virus et non de la présence d’un virus vivant ne constitue pas, selon les experts belges et français, une preuve suffisante d’une infection de l’animal, une simple contamination passive[1] (= animal porteur mécanique) n’étant pas à exclure (Scicom, 2020, avis Anses).

L’OIE a adopté une position similaire en précisant sur son site internet qu‘il n'existait "aucune preuve que les chiens jouent un rôle dans la propagation de cette maladie humaine ou qu'ils deviennent malades” (lien).

Au 12/03/2020 ce chien était toujours asymptomatique (lien). Il avait présenté un résultat sérologique négatif sur un prélèvement de sang en date du 03/03/2020. De nouvelles analyses conduites sur ce même prélèvement au laboratoire de référence de l’OIE à Hong Kong se sont finalement avérées positives permettant, selon les experts et scientifiques de Hong Kong, de conclure que ce chien avait été infecté par la COVID-19 (communiqué de presse autorités de Hong Kong du 26/03/2020). Compte-tenu de ces différents résultats, il serait nécessaire de disposer d’informations plus complètes sur les méthodes successivement mises en œuvre et les résultats obtenus afin d’avoir une idée plus précise de l’infection de cet animal. Le communiqué du 12/03/2020 informait également que, d’après les analyses de séquençage, le virus trouvé sur le chien et celui trouvé sur les personnes contacts du chien connues pour être infectées par le SARS-CoV-2 étaient très similaires (différences de 3 nucléotides d’après (Sit et al., 2020).Tous les prélèvements réalisés les 12 et 13/03/2020 étaient négatifs en RT-PCR et l’animal était toujours asymptomatique (rapport de suivi OIE du 16/03/2020). Il a alors été rendu à son propriétaire. L’analyse d’isolement viral a été réalisée le 23/03/2020 et s’est avérée négative (Source : 

rapport de suivi OIE du 28/03/2020). Le 18/03/2020, la presse relayait l’information relative à la mort de cet animal le 16/03/2020. Aucune explication concernant les circonstances de la mort de l’animal ne sont précisées (source : article). Aucun lien ne peut être fait entre sa mort et la COVID-19 (Source : rapport de suivi OIE du 28/03/2020). L’âge élevé de cet animal (17 ans) associé à des facteurs de comorbidité (insuffisances cardiaque et rénale) et au stress résultant de la mise en quarantaine pourraient être des facteurs expliquant le décès de ce chien (Source : Almendros, 2020, la semaine vétérinaire 18/03/2020, Anne Claire Gagnon).

Cas numéro 2 : chien de race Berger allemand de deux ans

Un second chien, berger allemand âgé de deux ans, mis en quarantaine le 18/03/2020 suite à la confirmation de l’infection de son propriétaire par le SARS-CoV-2, a présenté des résultats positifs en RT-PCR sur des prélèvements nasaux, oraux et fécaux réalisés les 18 et 19/03/2020 tout en étant asymptomatique (Source : notification OIE du 21/03/2020, communiqué de presse Hong-Kong du 19/03/2020, Scicom, 2020). Un isolement viral a été obtenu le 25/03/2020 (Source : notification OIE du 07/04/2020). A noter que le propriétaire détenait deux chiens et que le deuxième chien, de race mixte âgé de quatre ans, également mis en quarantaine, n’a pas présenté de résultat positif et était également asymptomatique (

communiqué de presse Hong-Kong du 19/03/2020, Scicom, 2020). Ces deux chiens faisaient partie d’un ensemble de 17 chiens et huit chats mis en quarantaine séparément pour avoir été en contact étroit avec des patients malades de la COVID-19 ; parmi ces 25 animaux suivis pour le SARS-CoV-2 à ce moment-là, seulement deux chiens ont présenté des résultats positifs (Source : article Thiry, 2020).

Le 22/03/2020, le comité scientifique belge indiquait que les éléments relatifs à ce cas ne permettaient pas de conclure à une infection productive (infection suivie d’une multiplication virale) (Source : Scicom, 2020).

Cas numéro 3 : chat

Un chat, dont le propriétaire était atteint par la COVID-19, a été mis en quarantaine le 30/03/2020. Il a été détecté positif en RT-PCR au SARS-CoV-2 (présence de génome viral) à Hong Kong sur des prélèvements oraux, nasaux et rectaux réalisés les 30/03 et 01/04/2020. L’animal était asymptomatique (Source : autorités Hong Kong au 31/03/2020, notification OIE du 03/04/2020). Les résultats d’isolement viral en date du 13/04/2020 étaient négatifs. L’analyse sérologique en date du 05/05/2020 était positive (rapport OIE du 04/05/2020)

Au bilan, au 31/03/2020, 27 chiens et 15 chats en contact étroit avec des patients malades de la COVID-19 avaient été mis en quarantaine et suivis pour le SARS-CoV-2 à Hong Kong. Seulement deux chiens et un chat avaient présenté des résultats positifs en RT-PCR (Source : article Thiry, 2020).

Cas numéros 4 à 10 : cinq chats et deux chiens

Cinq chats et deux chiens asymptomatiques ont été détectés positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 entre le 13/07/2020 et le 12/08/2020 dans le cadre d’un programme de surveillance renforcée des animaux domestiques en contact avec des personnes atteintes de la COVID-19 (Source : notification OIE au 24/07/2020, 

notification OIE au 10/08/2020, 

notification OIE au 19/08/2020, 

notification OIE au 03/09/2020).



Cas numéro 11: un chien asymptomatique

Suite à un contact avec une personne atteinte de la COVID-19, un chien a été placé en quarantaine le 23/11/2020. Les prélèvements réalisés sur cet animal asymptomatique ont été confirmés positifs au SARS-CoV-2 en RT-PCR le 25/11/2020 (Source : notification OIE au 27/11/2020).

Cas numéro 12 : un chat asymptomatique

Un chat asymptomatique en contact avec une personne atteinte de la COVID-19 a été détecté positif au SARS-CoV-2 en RT-PCR le 04/12/2020. Le deuxième chat présent dans le même foyer était négatif (Source : notification OIE au 04/12/2020)

Cas numéros 13 à 16 : quatre chiens asymptomatiques

Quatre chiens asymptomatiques et chacun au contact d’une personne atteinte de la COVID-19 ont été détectés positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 entre le 10 et le 18/12/2020 (Source : 

notification OIE au 18/12/2020 et au 

11/12/2020).

Cas numéro 17 : un chat asymptomatique

Un chat asymptomatique a été déclaré positif en RT-PCR au SARS-CoV-2 le 08/01/2021 à Hong-Kong. Il a été dépisté dans le cadre du programme de surveillance des contacts de cas humain confirmé. (Source : notification OIE du 08/01/2021).

Cas numéro 18 : un chien avec signes cliniques de faible intensité

Un chien présentant des signes cliniques de faible intensité (niveau de morbidité 1/5) a été confirmé positif en RT-PCR au SARS-CoV-2 le 02/01/2021 à Hong-Kong. Il a été dépisté dans le cadre du programme de surveillance des contacts de cas humain confirmé. Un second chien en contact avec le cas humain confirmé a été testé négatif (Source : notification OIE du 09/02/2021).

Japon

Depuis avril 2020, les propriétaires atteints de la COVI-19 et ayant besoin de faire garder leur animal de compagnie le temps de leur hospitalisation peuvent le confier à une société assurant gratuitement cette prestation. Les animaux concernés sont prélevés en vue d’un test de recherche du SARS-CoV-2 et, en cas de positivité du test, les animaux ne sont rendus à leur propriétaire qu’après mise en quarantaine, réalisation de nouveau(x) test(s) et constat d’un résultat négatif (Source : notification OIE du 25/09/2020). Les cas numéros 1 à 3 relatés ci-dessous ont été détectés dans ce contexte.

Cas numéro 1 à 3 : des chiens asymptomatiques

Le 26/07/2020, le 31/07/2020 et le 07/08/2020, trois chiens asymptomatiques de trois propriétaires différents atteints de la COVID-19 ont fait l’objet d’une prise en charge par la société pré-citée. Ils ont présenté un test positif en RT-PCR au SARS-CoV-2 respectivement les 30/07, 02/08 et 10/08/2020. D’après la notification OIE, le chien pris en charge le 31/07/2020 était dans un foyer où un autre chien était présent mais négatif au SARS-CoV-2 (Source : notification OIE du 25/09/2020).

Cas numéro 4 : un chien asymptomatique

Le 12/08/2020, un chien asymptomatique dont le propriétaire était atteint de la COVID-19 a été mis en quarantaine et s’est avéré positif en RT-PCR au SARS-CoV-2 le 14/08/2020 (Source : notification OIE du 25/09/2020).

Cas numéro 5 et 6 : deux chats (asymptomatiques)

Deux chats appartenant à une personne atteinte de la COVID-19 ont été confiés une société privée le temps de l’hospitalisation de leur maître. Ces animaux ont présenté des tests positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 le 12 et 14/09/2020. Les chats ont été rendus à leur propriétaire dès réception d’analyses négatives (Source : notification OIE du 06/11/2020)

Corée du Sud

Un chat a été déclaré positif en RT-PCR au SARS-CoV-2 le 24/01/2021, à Jinju, dans la province de Sud Gyeongsang. Il s’agit du premier cas détecté chez un animal de compagnie dans ce pays. L’animal appartenait à une personne hébergée à l’International House of Prayer, où un cluster d’infection du SARS-CoV-2 de 108 personnes a été déclaré le 23/01/2021. L’animal a été testé lors de son transfert dans un lieu d’hébergement pour animaux de compagnie (Source : Promed 26/01/2021)

 


 
Encadré 2 : Carnivores domestiques positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 en Europe (par ordre chronologique des pays concernés)
 
Belgique (symptomatique)
Le 18/03/2020, de l’ARN viral du virus SARS-CoV-2 a été mis en évidence par RT-PCR puis confirmé par séquençage à haut débit dans les matières fécales et le liquide gastrique d’un chat en Belgique. L’animal appartenait à une personne atteinte de la COVID-19. Il a présenté des signes cliniques digestifs et respiratoires une semaine après le retour d’Italie de sa propriétaire. Son état général s’est amélioré neuf jours après (Source : Scicom, 2020, article Thiry, 2020, notification OIE le 28/03/2020). Un article publié dans la revue Emerging infectious diseases détaille la chronologie de survenue de ce cas (Garigliany et al 2020).
Le comité scientifique belge ainsi qu’un groupe d’experts de l’OIE indiquent que ces éléments ne permettent pas de conclure à une infection virale productive, mais de la suspecter (Source : Scicom, 2020, OIE call 31/03/2020).
 
Espagne (découverte fortuite)

Cas numéro 1 : chat présentant des signes cliniques

Le 22/04/2020, un chat adulte vivant en Catalogne a été détecté positif en RT-PCR au SARS-CoV-2 après un examen post-mortem. Il vivait dans un foyer où plusieurs personnes étaient atteintes de la COVID-19. Il avait présenté des symptômes respiratoires mais le lien avec le SARS-CoV-2 est questionné par son vétérinaire, l’animal étant par ailleurs atteint d’une cardiomyopathie hypertrophique (Source : Reuters le 08/05/2020). La détection de l’ARN du SARS-CoV-2 est considérée comme une découverte fortuite et non la cause de la mort de l’animal (source : Avepa au 8/05/2020).

Cas numéro 2 : furet de compagnie

Dans une publication du 14/01/2021, les auteurs d’une étude scientifique (peer-reviewed) ont montré le second cas d’infection naturelle connu de furet de compagnie. Plus précisément, il s’agit de furets utilisés pour la chasse au lapin. Les auteurs ont écouvillonné (rectum et nasal), en août 2020, 71 furets de sept meutes (sept propriétaires), chacune comprenant de quatre à 21 sujets (dix en moyenne). Six sujets ont été détectés positifs en RT-PCR au SARS CoV-2. Soixante-six jours après le premier prélèvement, 20 individus de deux meutes ont été testés à nouveau, seul un sujet a été dépisté positif. Les auteurs concluent que « les petites populations de furets ne sont pas capables de maintenir une circulation virale prolongée à l’instar des élevages de visons » (Source :  peer-reviewed bioRXiv 14/01/2021)

 
France (symptomatique)

Cas numéro 1, région parisienne : le 02/05/2020 un premier chat en région parisienne a été détecté positif en qRT-PCR au SARS CoV-2 sur prélèvement rectal. Les écouvillons nasopharyngés étaient négatifs. Cette détection a eu lieu dans le cadre d’une étude conduite par l’unité mixte de recherche ENVA/Anses/INRAE en lien avec l’Institut Pasteur sur des chats de propriétaires suspectés d’être atteints de la COVID-19 et ayant présenté des symptômes respiratoires (source : communiqué de presse ENVA du 2/05/2020, site ENVA, Sailleau et al. 2020). L’étude a porté sur une dizaine d’animaux. L’animal s’est probablement contaminé via ses propriétaires.

Cas numéro 2, Bordeaux : le 12/05/2020 un deuxième chat à Bordeaux a été testé positif au SARS-CoV-2 à partir d’un prélèvement naso-pharyngé. Le propriétaire de l’animal est fortement suspecté d’avoir été atteint par la COVID-19. Les écouvillons rectaux du chat étaient négatifs. L’animal a présenté des troubles respiratoires (toux). Ce cas a été détecté dans le cadre d’une étude conduite par l’UMR INRAE-ENVT et l’ENVT sur des chats et furets (Source : AFP au 12/05/2020, communiqué presse ENVT du 12/05/2020).

Allemagne (asymptomatique)

Le 13/05/2020, un cas a été déclaré sur une chatte de six ans vivant dans une maison de repos avec son maître. Son propriétaire, atteint de la COVID-19, est décédé le 12/04/2020. Deux autres chats résidaient dans la même maison de repos. Aucun des chats n’a présenté de symptômes. Des prélèvements ont été réalisés le 29/04 et 04/05/2020. Ils étaient faiblement positifs en RT-PCR pour le chat du propriétaire et négatifs pour les deux autres (Promed au 13/05/2020).

Russie

Un chat de cinq ans a été testé positif en RT-PCR au SARS-CoV-2 le 22/05/2020 à Moskva, à l’Ouest de la Russie (Source: notification OIE au 26/05/2020).

Danemark (asymptomatique)

En lien avec l’exploitation où des visons ont été détectés positifs au SARS-CoV-2 lors de prélèvements réalisés les 13-14/06/2020, un chien présent sur l’exploitation a été testé positif au SARS-CoV-2 (Source : Promed au 22/06/2020) (Encadré 6).

Royaume-Uni (symptomatique)

Les autorités britanniques ont notifié à l’OIE le 27/07/2020 un cas positif sur un chat. L’animal aurait été contaminé par son propriétaire lui-même atteint de la COVID-19. Le chat avait présenté des signes cliniques en mai (sécrétions nasales et difficultés respiratoires) et avait alors été testé positif à l’herpès virus félin. Dans le cadre d’un projet de recherche, un prélèvement avait été envoyé pour détection du SARS-CoV-2 qui s’est avéré positif le 25/06/2020 dans un laboratoire privé et confirmé le 22/07/2020 par le laboratoire national de référence. Le chat est depuis en bonne santé, aucune autre transmission n’a été relatée. A noter qu’un autre chat également présent dans le foyer a été testé négatif (article média du 27/07/2020, Promed du 27/07/2020, notification OIE du 27/07/2020).

 

Jusqu’au mois de novembre 2020, aucun autre cas chez des animaux de compagnie n’avait été détecté. En septembre 2020, un nouveau variant a émergé chez l’Homme, dit « Britanique » ou B.1.1.7 ou 20I/N501Y.V1, caractérisé par une transmissibilité accrue par rapport au variant originel. Ce nouveau variant est rapidement devenu prédominant sur le territoire britannique malgré les mesures sanitaires mise en place dans le pays. Entre décembre 2020 et février 2021, une augmentation notoire des cas de myocardite aigüe a été observée chez des chiens et chats référés au Ralph Veterinary Referral Centre. Les huit chats et les trois chiens atteints de myocardite aigue n’ont présenté aucun signe respiratoire. Ils ont tous été testés négatifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 sur écouvillon oro/nasopharyngé. Trois d’entre eux (deux chats et un chien) ont été confirmé positif sur écouvillon rectal. Quatre d’entre eux ont présenté un test sérologique positif soit en phase aigüe, soit en phase de guérison. Au total, six animaux sur onze sont positifs soit par RT-PCR soit par sérologie. L’enquête épidémiologique révèle que parmi ces six cas, cinq avait été en contact avec une personne confirmée positive au SARS-CoV-2 (Ferasin et al. 2021)


Italie (asymptomatique)

Cas numéro 1

Une chienne de 15 ans asymptomatique a été détectée positive au SARS-CoV-2 suite à des prélèvements réalisés le 05/11/2020. L’animal réside à Bari. Dans ce foyer, quatre personnes ont présenté des symptômes de la COVID-19 et un a été confirmé atteint de la COVID-19 (Source: Promed au 11/11/2020).

Cas numéro 2

Un chat asymptomatique a été confirmé positif au SARS-CoV-2 le 15/03/2021 à Novare dans la région du Piémont. L’animal était en contact avec une personne atteintes de la COVID-19. La séquence partielle du gène de la protéïne Spike comprenant la région du domaine de liaison au récepteur du SARS-CoV-2 a révélé la mutation N501Y, laquelle, avec trois autres mutations (a570d, p681h, t161i) et la délétion 69-70, sont compatibles avec la dite variante « anglaise »(Source : notification OIE du 19/03/2021).

Slovénie (symptomatique)

Le 01/12/2020 un furet de compagnie a été détecté positif au SARS CoV-2 par PCR. Il a présenté des signes cliniques digestifs et était au contact d’une personne atteinte de la COVID-19 (Source : notification OIE du 23/12/2020).

Suisse (symptomatique)

Cas numéro 1 : chat avec signes respiratoires

Le 03/12/2020, les autorités suisses ont indiqué avoir détecté un chat positif au SARS-CoV-2 en RT-PCR dans le canton de Zurich dans le cadre d’un projet de recherche. L’animal avait présenté des signes respiratoires et était au contact d’une personne atteinte de la COVID-19. Un autre chat du même foyer, asymptomatique, a été testé négatif (Source : lettre à l’OIE du 03/12/2020).

Cas numéro 2 : signes respiratoires sévères

Un chat de six ans a été confirmé positif le 27/12/2020 dans le canton de Zurich. L’animal présentait une dyspnée sévère et hypothermie. Les prélèvements ont été réalisés en post-mortem dans le cadre d’un projet de recherche, investiguant la prévalence de SARS-CoV-2 chez les animaux de compagnie dans les foyers positifs à la COVID-19 (Source : Lettre du Federal Food Safety and Veterinary Office).

Cas numéros 3 et 4 : symptômes absents à modérés

Deux chats ont été confirmés positifs par RT-PCR au SARS-CoV-2 le 27/01/2021 dans les cantons de Zurich et Walenstadt. Le premier (Zurich) était asymptomatique, le second (Walenstadt) a présenté une morbidité de niveau 2/5. Tous deux ont été détectés dans le cadre d’enquête épidémiologique de contact avec un cas humain confirmé (Source : notification OIE du 28/01/2021).

Bosnie Herzégovine

Un chien a été confirmé positif par RT-PCR au SARS-CoV-2 le 03/02/2021 dans le cadre de l’investigation des contacts d’une personne confirmée positive. L’animal était asymptomatique (Source : notification OIE du 03/02/2021).

Lituanie

Un chat a été confirmé positif par RT-PCR au SARS-CoV-2 le 01/02/2021 dans la commune de Riga. L’animal présentait des signes respiratoires modérés (2/5). Il a été testé dans le cadre de l’investigation des contacts d’une personne infectée. L’autre chat présent dans le foyer a été testé négatif, il ne présentait pas de symptôme (Source : notification OIE du 10/02/2021).

Estonie

Un chat a été confirmé positif par RT-PCR au SARS-CoV-2 le 01/03/2021 dans la commune de Tallin. L’animal présentait des signes respiratoires. Il a été testé à l’initiative de son propriétaire lui-même positif pour la COVID-19 (Source : notification OIE du 10/03/2021).

 
 
Encadré 3 : Carnivores domestiques positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 en Amérique du Nord

USA

Cas numéros 1 et 2 : deux chats à New York (symptomatiques)

Les 15 et 20/04/2020 deux chats ayant présenté des signes cliniques (éternuements et écoulements oculaires) ont été testés positifs au SARS-CoV-2 par RT-PCR. Ils vivent à New York dans deux foyers distincts. L’un vit avec un autre chat au contact d’une personne atteinte de la COVID-19, l’autre vit dans un foyer d’où il sort régulièrement et qui se trouve dans un quartier où des cas humains de COVID-19 sont connus (Source : Notification OIE au 22/04/2020, Promed du 18/04/2020, publication CDC du 22/04/2020).

Cas numéro 3 : un chat dans le Minnesota (symptomatique)

Le 01/06/2020, un chat à Carver County (Minnesota) a été testé positif au SARS-CoV-2 (par RT-PCR et séquençage) sept jours après que son propriétaire a été confirmé atteint par la COVID-19. Il était également positif à Mycoplasma felis. Il a présenté une hyperthermie et des symptômes respiratoires. Le propriétaire et son chat se portaient bien au 03/06/2020. Le chien présent au même domicile n’a pas présenté de symptôme (article CBS Minnesota,

notification OIE au 03/06/2020).

Cas numéro 4 : un chien à New York (symptomatique)

Le 01/06/2020, l’USDA a annoncé qu’un chien berger allemand résidant à New-York et ayant présenté des symptômes respiratoires a été testé positif au SARS-CoV-2. Un deuxième chien du domicile, asymptomatique, a été testé positif par sérologie (USDA au 02/06/2020). Cet animal a été par la suite euthanasié suite à un probable diagnostic de lymphome sans lien avec le SARS-CoV-2 (Source : notification OIE au 05/08/2020).

Cas numéro 5 : un chat dans l’Illinois (symptomatique)

Le 04/06/2020, un chat ayant présenté des symptômes mi-mai a été testé positif au SARS-CoV-2. Son propriétaire avait été confirmé atteint par la COVID-19 auparavant (article média 05/06/2020, USDA au 05/06/2020).

Cas numéro 6 : un chien en Géorgie (symptomatique)

Le 22/06/2020, un chien résidant dans une maison où a minima une personne était connue comme atteinte du COVID-19 a été testé positif au SARS-CoV-2 (RT-PCR). Il avait présenté auparavant des signes neurologiques et avait été euthanasié. Un autre chien asymptomatique résidant dans le même foyer avait une sérologie négative (Source : OIE au 02/07/2020). Un autre chien en contact avec le chien positif a été testé positif au SARS-CoV-2 par neutralisation virale le 17/08/2020 (Source : notification OIE au 27/08/2020).

Cas numéro 7 : un chien au Texas (asymptomatique)

Le 08/07/2020, un chien de deux ans en bonne santé a été testé positif au SARS-CoV-2 (RT-PCR). Son vétérinaire avait procédé au test car son propriétaire avait été atteint du COVID-19 (Source : Promed au 08/07/2020).

Cas numéro 8 : un chat en Californie (asymptomatique)

Le 08/07/2020, un chat a été testé positif au SARS-CoV-2 en RT-PCR (USDA au 16/07/2020).

Cas numéro 9 : un chien en Caroline du Sud (asymptomatique)

Dans le comté de Charleston, un chien de 8-9 ans a été testé positif au SARS-CoV-2 (RT-PCR) le 09/07/2020. Son propriétaire avait été confirmé atteint par la COVID-19 ce qui a motivé le vétérinaire à réaliser un test sur l’animal. L’animal a été euthanasié en raison d’une maladie chronique non liée au COVID-19 (Source : Promed au 19/07/2020). Deux chiens partageant le même foyer ont depuis été prélevés et testés négatifs au SARS-CoV-2 (Source : notification OIE au 05/08/2020).

Cas numéro 10 : un chat au Texas (asymptomatique)

Le 28/06/2020, un chat asymptomatique, au contact d’une personne atteinte du COVID-19, a été testé positif au SARS-CoV-2 en RT-PCR le 21/07/2020. Deux chiens résidants dans le même ménage et également asymptomatiques ont été testés négatifs. Ce cas a été détecté dans le cadre de la mise en place d’une surveillance active des animaux domestiques au contact de personnes atteintes de la COVID-19 (Source : notification OIE au 23/07/2020).

Cas numéro 11 : un chien en Arizona (symptomatique)

Un chien résidant au contact d’une personne atteinte de la COVID-19 a été testé positif au SARS-CoV-2 (RT-PCR) le 15/07/2020. Il a présenté des symptômes respiratoires qui ont ensuite disparus (Source : notification OIE au 23/07/2020).

Cas numéro 12 : un chat au Texas (asymptomatique)

Le 22/07/2020, un chat résidant dans un foyer avec deux chiens dont le propriétaire était atteint de la COVID-19 a été testé positif au SARS-CoV-2. Le chat et les deux chiens étaient asymptomatiques. Les deux chiens ont été testés négatifs. Ces animaux ont été testés dans le cadre d’une surveillance renforcée des animaux domestiques en contact avec des personnes atteintes de la COVID-19 (Source : notification OIE au 30/07/2020).

Cas numéro 13 : un chien en Louisiane (asymptomatique)

Le 05/08/2020, un chien résidant dans un foyer dans le propriétaire était atteint de la COVID-19 a été testé positif au SARS-CoV-2. L’animal avait un historique de douleurs aux hanches et au dos. Compte tenu de ses déficits moteurs importants et de sa difficulté à se maintenir debout, une décision d’euthanasie a été prise avec une suspicion forte d’hernie discale (non en lien avec son diagnostic positif donc considéré comme asymptomatique) (Source : 

notification OIE au 05/08/2020).

Cas numéro 14 et 15 : un chien et un chat au Texas (asymptomatiques)

Du 28/07 au 29/07/2020 des prélèvements ont permis l’identification d’un chien et d’un chat positifs au SARS-COV-2 qui étaient dans deux foyers distincts impliquant chacun un cas humain de COVID-19 (confirmation des résultats les 11 et 12/08/2020). Ces animaux étaient asymptomatiques. Dans le foyer où résidait le chat, deux autres chats étaient présents et ont été testés négatifs (Source : notification OIE au 13/08/2020).

Cas numéro 16 : un chien en Caroline du Nord (symptomatique mais lien entre symptômes et SARS-CoV-2 non établi)

Le 04/08/2020 un chien en Caroline du Nord résidant au contact d’une personne atteinte de la COVID-19 a été testé positif au SARS-CoV-2. L’animal avait été présenté au vétérinaire avec une détresse respiratoire importante qui a précédé un arrêt cardiaque. Une autopsie de l’animal a été réalisée et les causes de sa mort sont en cours d’investigation. Le deuxième chien résidant dans le même foyer a été détecté négatif (Source : notification OIE au 13/08/2020).

Cas numéro 17 : un chat en Géorgie (symptomatique)

Le 14/07/2020, un chat a été prélevé puis détecté positif au SARS-CoV-2. Cet animal était en contact avec une personne atteinte de la COVID-19. Il avait été récemment diagnostiqué pour une hyperthyroïdie puis a présenté des symptômes respiratoires qui se sont aggravés. Il a également été testé positif à Mycoplasma felis (Source : notification OIE au 27/08/2020).

Cas numéro 18 : un chat dans le Maryland (symptomatique)

Le 10/08/2020, un chat ayant présenté des symptômes respiratoires modérés a été prélevé puis détecté positif au SARS-CoV-2 dans un foyer où résidait également 4 autres chats et un chien tous testés négatifs et tous asymptomatiques. Le 21/08/2020 tous les animaux étaient en bonne santé. Ces animaux étaient en contact avec une personne atteinte de la COVID-19 (Source : notification OIE au 27/08/2020).

Cas numéro 19 : un chat en Californie (symptomatique)

Le 13/08/2020, un chat ayant présenté de très faibles symptômes respiratoires a été prélevé puis détecté positif au SARS-CoV-2. Cet animal était en contact avec une personne atteinte de la COVID-19 (Source : notification OIE au 27/08/2020).

Cas numéro 20 : un chat en Louisiane (symptomatique)

Le 17/08/2020, un chat ayant présenté de faibles symptômes respiratoires a été prélevé puis détecté positif au SARS-CoV-2. Cet animal était en contact avec une personne atteinte de la COVID-19. Dans ce foyer réside également un autre chat et un autre chien (Source : 

notification OIE au 02/09/2020). Des anticorps neutralisants au SARS-CoV-2 ont été détectés chez ces deux animaux le 17 et 22/09/2020 (Source : notification OIE au 24/09/2020).

Cas numéro 21 : un chat dans le Kentucky (symptomatique)

Le 17/09/2020, un chat a été testé positif au SARS-CoV-2 en RT-PCR. Il vivait au contact d’une personne atteinte de la COVID-19. L’animal a présenté des signes cliniques à partir du 06/09/2020 (tachypnée, éternuements, congestion, toux, vomissement). Deux autres chats vivent dans le foyer et seront testés pour rechercher le SARS-CoV-2 (Source : notification OIE au 24/09/2020).

Cas numéro 22 : un chat au Texas (asymptomatique)

Un chat asymptomatique résidant dans un foyer où une personne était atteinte de la COVID-19 a été confirmé positif au SARS-CoV-2 par RT-PCR le 30/09/2020 (Source : notification OIE au 02/10/2020).

Cas numéro 23 : un chien au Texas (symptomatique)

Un chien résidant dans un foyer où une personne était atteinte de la COVID-19 a été confirmé positif au SARS-CoV-2 par RT-PCR le 30/09/2020. Il présentait des symptômes respiratoires (Source : notification OIE au 02/10/2020).

Cas numéro 24 : un chat dans l’Alabama (symptomatique)

Un chat résidant dans un foyer où une personne était atteinte de la COVID-19 a été confirmé positif au SARS-CoV-2 par RT-PCR le 06/10/2020. L’animal a présenté des symptômes respiratoires et nerveux. Les résultats de l’autopsie étaient en faveur d’une méningo-encéphalite bactérienne. Trois autres chats du même foyer et ayant présenté des signes respiratoires ont été prélevés. Les résultats ne sont pas précisés (Source : notification OIE du 09/10/2020). 

Cas numéro 25 : un chien au Texas (symptomatique)

Un chien résidant au contact d’une personne atteinte de la COVID-19 a été confirmé positif en RT-PCR au SARS-CoV-2 le 21/10/2020. Il présentait de la diarrhée et une léthargie. Un autre chien du même foyer et asymptomatique a été testé négatif (Source : notification OIE au 30/10/2020).

Cas numéro 26 : un chat en Pennsylvanie (symptomatique)

Un chat résidant au contact d’une personne atteinte de la COVID-19 a été confirmé positif en RT-PCR au SARS-CoV-2 le 16/10/2020. Il a présenté des symptômes respiratoires légers à modérés et avait des antécédents gastro-intestinaux. Après une détérioration de son état général il a été euthanasié. Des examens sont en cours pour déterminer les causes de l’aggravation de l’état général de l’animal (Source : notification OIE au 30/10/2020).

Cas numéros 27 à 34 (Source : notification OIE au 18/12/2020)

Trois chiens et cinq chats ont été détectés positifs au SARS-CoV-2 par RT-PCR suite à des suspicions intervenues entre le 22/10 et le 03/12/2020 :

  • Deux chats d’un même foyer au Texas le 22/10/2020, l’un asymptomatique et l’autre ayant présenté de la toux et éternuements.
  • Un chien en Floride le 08/11/2020 qui avait présenté des antécédents respiratoires. L’animal est en court de rétablissement. Le deuxième chien présent dans le même foyer est resté asymptomatique.
  • Un chien en Pennsylvanie le 13/11/2020 avec des antécédents respiratoires.
  • Un chat asymptomatique au Texas le 15/11/2020.
  • Un chat dans le Wisconsin le 17/11/2020 présentant des symptômes respiratoires et une léthargie.
  • Un chat au Texas le 20/11/2020 ayant présenté des tremblements, vomissements et éternuements.
  • Un chien au Kansas le 03/12/2020 détecté suite à un prélèvement réalisé par précaution en pré-opératoire compte tenu de la présence de symptômes respiratoires.


Cas numéros 35 à 51 (Source : USDA list of SARS-CoV-2 du 05/01/2021 au 24/03/2021)

Seize foyers ont été confirmés entre le 05/01/2021 et le 24/03/2021. Tous sont en lien avec une personne testée positive pour la COVID-19. Au total :
  • onze chats dans les Etats de Californie (11/01 et 08/02/2021), Kansas (11/01/2021), Tennessee (20/01/2021), d’Arkansas (22/01/2021), Connecticut (01/02/2021), New Jersey (03/02/2021), New York (03/02/2021) et Floride (05/02/2021),
  • cinq chiens dans les Etats de Californie (20/01/2021), Floride (29/01/2021), Iowa (03/02/2021) et Texas (03/02/2021). 


Cas numéro 52 et 53

Le variant britannique (B.1.1.7) a été confirmé pour la première fois officiellement chez un chien et un chat testés le 12/02/2021 dans l’Etat du Texas. Le propriétaire avait été confirmé positif au SARS-CoV-2, deux jours avant. Aucun animal n’a présenté de symptôme. Le variant britannique a été détecté pour la première fois chez l’Homme sur le territoire américain en décembre 2020. Le dépistage de routine des animaux de compagnie n’est à ce jour pas recommandé dans l’Etat du Texas (Source : Promed le 16/03/2021).

Mexique (symptomatiques)

Cas numéros 1 à 5 : cinq chiens

Cinq chiens dans quatre foyers distincts, tous en contact avec des personnes atteintes de la COVID-19 ont été testés positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 entre le 08/08 et le 26/11/2020. Ils ont tous présentés des symptômes (fièvre et ou signes respiratoires). Ils ont été détectés dans le cadre d’un dispositif de surveillance événementielle qui a donné lieu à 25 suspicions depuis le début de l’épidémie de COVID-19 (Source : notification de l’OIE du 15/12/2020).

Cas numéro 6 : un chien avec signes respiratoires

Un chien a été déclaré positif le 07/01/2021 par RT-PCR au SARS-CoV-2. L’animal présentait des pics de fièvre, anorexie et dépression. Il était en contact avec une personne positive à la COVID-19 (Source : notification de l’OIE du 07/01/2020).

 
 
Encadré 4 : Carnivores domestiques positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 en Amérique du Sud


 Chili

Trois chats ont été détectés positifs en RT-PCR au SARS-Cov-2 dans le cadre de travaux de recherche menés sur des animaux domestiques en contact avec leur propriétaire atteint de la COVID-19 à Santiago. Il n’est pas précisé si ces animaux étaient symptomatiques ou non. Le premier résultat a été obtenu le 08/06/2020. Des analyses de séquençage ont permis le 01/10/2020 de confirmer que ces animaux avaient fait l’objet d’une contamination par leur propriétaire (Source : notification OIE au 22/10/2020).

Brésil

Cas numéro 1 : chat asymptomatique

Une chatte a été détectée positif au SARS-CoV-2 par RT-PCR suite à des prélèvements réalisés le 05/10/2020. Elle vit dans un foyer dans le Mato Grosso où des cas humains de la COVID-19 ont été confirmés. Un chat vivant au même endroit a été testé négatif. La chatte a été à nouveau prélevée le 16/10/2020, les résultats étaient négatifs. Ce cas a été détecté dans le cadre d’un projet de recherche visant à prélever les chiens et chats au contact de leur propriétaire atteint de la COVID-19 (Source :notification OIE du 28/10/2020).

Cas numéros 2 à 7 : un chat et cinq chiens

Un groupe de cinq chiens et un chat ont été déclarés positifs au SARS-CoV-2 par RT-PCR le 05/01/2021 dans le cadre d’une étude de surveillance (étude PetCOVID-19) coordonnée par l'Université fédérale du Paraná. Tous les chiens présentaient des signes respiratoires légers. Le chat était asymptomatique (Source : notification OIE du 05/01/2020).

Argentine (chiens et chats)

Cas numéro 1

Le 01/09/2020, un chat résidant à Buenos Aires et en contact avec une personne atteinte par la COVID-19 a fait l’objet de prélèvements dans le cadre d’un protocole de recherche et a été confirmé positif au SARS-CoV-2 par RT-PCR le 13/10/2020 (Source: notification OIE au 18/11/2020).

Cas numéros 2 à 6

Le 09/10/2020, dans le cadre du protocole de recherche défini ci-dessus, trois domiciles distincts de Santiago del Estero où résidaient une personne atteinte de la COVID-19 et non reliés épidémiologiquement entre eux ont fait l’objet d’investigations sur des carnivores domestiques présents. Dans un premier domicile, un des trois chiens a été détecté positif au SARS-CoV-2 en RT-PCR. L’animal a été euthanasié sur décision du propriétaire. Dans un autre domicile le seul chien présent a été détecté positif et a été euthanasié dans les mêmes circonstances que le chien précédent. Dans le troisième domicile, sur les trois chats et huit chiens présents, un chat et deux chiens ont été détectés positifs. Le chat avait présenté des symptômes (affaiblissement et anorexie) tout comme l’un des quatre chiens précédents (notamment affaiblissement et toux)(Source: notification OIE au 18/11/2020).

Cas numéros 7 à 13

Le 10/02/2021, deux chats et quatre chiens ont été confirmés positifs au SARS-CoV-2 par RT-PCR à Santiago del Estero. Aucun animal ne présentait de signe clinique. L’enquête épidémiologique a mis en évidence un contact antérieur de ces animaux avec une personne atteinte de la COVID-19 (Source: notification OIE au 18/03/2020).


 
Encadré 5 : Elevages de visons (Neovison vison) (symptomatiques et asymptomatiques)

Pays-Bas
Le 24/04/2020, trois visons provenant d’un élevage de la province de Brabant du Nord (effectif de 13 000 visons) étaient détectés positifs au SARS CoV-2 par PCR. Ils avaient présenté des symptômes gastrointestinaux et respiratoires. Un excès de mortalité avait été constaté dans cette exploitation. Deux employés ont présenté des symptômes évocateurs de la COVID-19 mais ils n’ont pas fait l’objet de test de confirmation.

Le 25/04/2020, une seconde exploitation de visons (effectif de 7 500 visons) distante de 20 km de la précédente a présenté un contexte similaire (excès de mortalité et symptômes respiratoires chez les visons et deux employés avec des symptômes évocateurs de la COVID-19). Des tests positifs sur des visons ont été reportés (nombre de cas non précisés) (Source : 

courrier OIE, lettre au parlement néerlandais du 26/04/2020, CPVAADA du 18/06/2020).

Le 07/05/2020 deux autres élevages (effectif de 10 000 et 1 500 visons) dans cette même province étaient concernés (Source : ministère néerlandais de l’agriculture au 08/05/2020). Peu de visons de ces quatre exploitations ont présenté des symptômes (gastrointestinaux et respiratoires). Un taux de mortalité supérieur à la normale dans ces exploitations a également été rapporté (informations quantitatives non fournies). La source de contamination de ces visons est certainement liée à des employés de ces élevages qui avaient présenté des symptômes de la COVID-19. Selon l’université Wageningen, le risque que le vison agisse comme réservoir du SARS-CoV-2 est faible (Source : université Wageningen au 08/05/2020). Trois des quatre exploitations pré-citées appartiennent au même propriétaire. Les premières investigations épidémiologiques semblent démontrer une contamination entre visons (source : ministère néerlandais de l’agriculture au 08/05/2020).

Le 22/06/2020, les autorités néerlandaises indiquaient que dix-sept sites d’élevage de visons distincts avaient fait l’objet d’analyses positives au SARS-CoV-2 sur leurs animaux dans les communes de Gemert-Bakel, Laarbeek, Deurne, St Anthonis, et Venray (Source : 

Wageningen university au 23/06/2020, lettre des autorités néerlandaise au 22/06/2020, 

CPVAADA du 18/06/2020). Un avis du comité consultatif de coordination administrative pour les zoonoses (BAO-Z) et de l’équipe de gestion des épidémie zoonotiques (OMT-Z) du 03/06/2020 a indiqué que le virus pourrait continuer à circuler dans les élevages de visons pendant une longue période ce qui pourrait représenter un risque pour la santé publique. Ceci a motivé les autorités à décider l’abattage des animaux des élevages de visons concernés pour limiter le risque de transmission à l'Homme ; par ailleurs, cette mesure permettrait de réduire le risque de mutations du virus (chez les visons) susceptibles de faciliter son passage à l'Homme depuis des visons infectés. Les élevages non atteints continuaient à faire l’objet de mesures d’isolement préventives. Des mesures d’aide à la fermeture anticipée des élevages de visons le souhaitant seront envisagées. A ce moment-là, il était prévu que toutes les fermes de visons cessent leur activité aux Pays-Bas d’ici 2024 suite à une précédente décision législative (lien article site autorités néerlandaises, lettre du ministre de l’agriculture néerlandais au parlement du 15/06/2020, avis de l’OMT-Z au 03/06/2020, CPVAADA du 18/06/2020).

Le 06/06/2020, les autorités néerlandaises ont débuté l’abattage de 1 500 visons d’un élevage à Deurne où des analyses avaient confirmé la présence du SARS-CoV-2. Ces opérations d’abattage se sont poursuivies pour l’ensemble des exploitations détectées positives avec plus de 500 000 visons abattus au 23/06/2020 (Source : CPVAADA du 18/06/2020, Promed Vol96, issue 75 au 19/06/2020). Un dispositif de surveillance programmée dans toutes les exploitations de visons a également été mis en place avec la réalisation de prélèvements hebdomadaires (Source : avis de l’OMT-Z au 03/06/2020).

Au 17/07/2020, le nombre d’élevages de visons détectés positifs au SARS-CoV-2 était de 25, 21 dans la province du Brabant du Nord et quatre dans la province de Limburg. Parmi ces 25 exploitations, huit avaient fait l’objet d’un signalement par l’exploitant suite à l’apparition de signes cliniques sur les animaux, les autres avaient été détectées par le dispositif de surveillance programmée renforcée (Source: Wageningen university au 06/07/2020, 

lettre des autorités néerlandaise au 16/07/2020, Promed au 19/07/2020, site autorités néerlandaises au 20/07/2020).

Au 02/09/2020, le nombre d’élevages de visons détectés positifs au SARS-CoV-2 était de 44, 33 dans la province du Brabant du Nord, dix dans la province de Limburg et un dans la province de Gelderland. Sur ces 44 exploitations, dix-sept ont fait l’objet d’un signalement par l’exploitant suite à l’apparition de signes cliniques sur les animaux, les autres ont été détectées par le dispositif de surveillance programmée renforcée (site autorités néerlandaises au 02/09/2020).

Le 03/09/2020, trois autres exploitations étaient détectées positives (et une suspectée puis confirmée le lendemain (site autorités néerlandaises au 03/09/2020 et au 04/09/2020).

Au 07/09/2020, après la détection de deux nouveaux élevages de visons positifs au SARS-CoV-2, le nombre total d’exploitations détectées depuis le 24/04/2020 était de 50 (site autorités néerlandaises au 07/09/2020)

Le 14/09/2020, deux autres exploitations étaient détectées positives, une à Wilbertoord et l’autre à Overloon avec des effectifs respectifs de 1 250 et 7 500 mères (Source : site des autorités néerlandaises au 14/09/2020). Le 16/09/2020, une exploitation à Cuijk était détectée positive suite à l’apparition de symptômes sur des visons de l’exploitation (Source : 

site des autorités néerlandaises au 16/09/2020). Le 18/09/2020, une exploitation à Meijel était détectée infectée (Source : site des autorités néerlandaises au 18/09/2020), puis une autre le 22/09/2020 à Heumen (Source : site des autorités néerlandaises au 22/09/2020). La contamination de ces deux dernières exploitations a été détectée via le dispositif de surveillance programmée pré-cité. Le 24/09/2020, une exploitation de 4 000 mères dans la commune de Horst aan de Maas était détectée positive suite à l’apparition de symptômes sur des visons de l’exploitation (Source : site des autorités néerlandaises au 24/09/2020).

Au 25/09/2020, 57 élevages néerlandais de visons avaient été détectés positifs au SARS-CoV-2 depuis la première détection le 24/04/2020. Le dernier foyer concernait une exploitation située à Meijel qui fera l’objet, comme les précédentes, de mesures d’abattage. Il a été détecté dans le cadre de la surveillance programmée des élevages du pays (Source : site des autorités néerlandaises au 25/09/2020).

Au 06/10/2020, 62 exploitations de visons étaient infectées dont 43 dans le Brabant du Nord, 17 dans la province de Limburg et deux dans le Gelderland. Sur ces 62 foyers, 25 ont été détectés via la surveillance événementielle suite à la détection de symptômes chez les visons et 37 dans le cadre de la surveillance programmée (Source : lettre des autorités néerlandaises au 06/10/2020).

Au 21/11/2020, 70 exploitations de visons étaient détectées positives au SARS-CoV-2. Elles ont toutes fait l’objet d’opérations d’abattage (en cours pour la dernière exploitation concernée au 21/11/2020). Il reste 35 exploitations de visons aux Pays-Bas. (Source: communiqué de presse des autorités néerlandaises du 21/11/2020, lettre des autorités néerlandaises au 21/11/2020). Une des 70 exploitations avaient été considérées positives au SARS-CoV-2 sur la base d’analyses sérologiques mais les analyses PCR réalisées ultérieurement s’étant révélées négatives les autorités ne l’ont finalement pas déclaré comme un cas même si l’exploitation a fait l’objet d’un abattage. Le nombre total d’exploitations positives est donc de 69 au 11/12/2020 (Source : autorités néerlandaises au 11/12/2020).

Le projet de loi visant à interdire l’élevage de visons a été adopté par le Parlement le 01/12/2020 et est en cours d’étude au Sénat (Source : autorités néerlandaises au 11/12/2020).

Les Pays-Bas comptaient 127 élevages de visons au moment de la détection des premiers cas (Source : CPVAADA du 18/06/2020).

Depuis le 06/01/2021, date du dernier rapport de suivi à l’OIE, les Pays-Bas n’ont pas notifié de nouveau foyer (Source : Commission Européenne 15/01/2021, OIE consulté le 24/03/2021)

Danemark

Plusieurs animaux et un employé d’un élevage de visons de la région du Jultland du Nord ont été testés positifs au SARS-CoV-2 suite à des prélèvements effectués les 13-14/06/2020 sur des animaux symptomatiques (Source : média au 17/06/2020, Promed au 17/06/2020). L’exploitation a été immédiatement isolée. Après confirmation des résultats, l’abattage des 11 000 visons de l’exploitation a été réalisé. Les autorités danoises suspectent que les visons ont été contaminés par le propriétaire de l’élevage ou un employé atteint de la COVID-19. Un chien se trouvant sur l’exploitation a été testé positif au SARS-CoV-2  (Source : Promed au 22/06/2020).

Suite à l’identification d’un deuxième élevage de vison positif dans cette même région, les autorités danoises ont lancé un plan d’analyse dans 120 élevages de visons afin d’identifier si ces cas étaient isolés ou non (Source : Promed au 22/06/2020). Cette exploitation a fait l’objet d’un abattage (média au 02/07/2020). Le 01/07/2020, un troisième élevage de 5 000 visons a été détecté positif avec plus de 50 % de visons positifs au SARS-CoV-2 en dehors du plan d’échantillonnage d’élevage pré-cité. Des personnels de l’exploitation avaient été atteintes de la COVID-19 auparavant ce qui avait motivé la réalisation des analyses sur cette exploitation. Les animaux de l’exploitation ont été abattus (média au 02/07/2020). Ceci portait à trois le nombre d’exploitations de visons détectées positives au SARS-CoV-2 au Danemark (Source: 

ministère en charge de l’agriculture danois au 01/07/2020). Le 07/07/2020, les autorités danoises ont indiqué que l’abattage des exploitations positives ne serait plus une mesure appliquée de manière systématique. Une série de mesures préventives sera mise en place associée à un contrôle strict des effectifs par les employés des exploitations concernées. Une surveillance programmée des exploitations de visons est également mise en place sur un échantillon de 125 exploitations (Source : média au 07/07/2020), échantillon qui sera par la suite étendu à l’ensemble des exploitations du pays (cf ci-dessous).

Le 14/08/2020, les autorités danoises ont annoncé qu’une quatrième exploitation avait été détectée positive dans le cadre de la surveillance programmée de tous les élevages de visons du pays (925 exploitations testées au 14/08/2020, 1 136 au 25/09/2020). Elle se situe dans la province de Hjørring et comme les trois précédentes dans la région du Jultand du Nord. Cette exploitation ne fait pas l’objet d’une procédure d’abattage mais de modalités de surveillance renforcées (Source : site des autorités danoises au 14/08/2020, Promed au 25/09/2020). Le 26/08/2020, c’est une cinquième exploitation de cette région qui est atteinte (site des autorités danoises au 26/08/2020).

Au 28/09/2020, 27 exploitations avaient été détectées positives au SARS-CoV-2, toutes situées dans le Jutland du Nord, au nord du pays (Figure 1). Vingt-trois étaient situées dans la province de Hjørring qui compte 65 exploitations de visons et quatre dans la province de Frederikshavn qui compte 51 exploitations de visons (Source : site des autorités danoises consulté le 28/09/2020).

Depuis le 16/10/2020, face à l’augmentation du nombre d’exploitations de visons détectées positives au SARS-CoV-2 au Danemark, les exploitations atteintes et celles autour ont été systématiquement abattues, ce qui a concerné 1,4 millions de visons (Source : lettre des autorités danoises au 05/11/2020).

Au 10/11/2020, 229 exploitations avaient été détectées positives au SARS-CoV-2 soit 202 de plus en moins de sept semaines (Source : site des autorités danoises mis à jour le 02/11/2020). Alors que jusqu’à présent seul le Jutland du Nord était concerné, une extension des foyers vers le Sud du pays était observée (Source : site des autorités danoises consulté le 10/11/2020). Le 05/11/2020, les autorités danoises ont indiqué la découverte de mutations du virus qui pourraient entraîner une moindre réponse aux anticorps et in fine affecter l’efficacité de potentiels vaccins (mutation de la protéine spike qui est celle reconnue par les anticorps). Ce nouveau variant, dénommé Cluster 5, présente quatre mutations concernant cette protéine. Il a été identifié dans cinq exploitations de visons du Jutland du Nord et chez douze personnes dont quatre directement en lien avec trois des cinq exploitations précitées. Ceci a conduit les autorités danoises à décider de l’abattage de la totalité des exploitations de visons du pays ce qui représente environ 12 millions de visons. Le Danemark compte 1 140 exploitations de visons (Source : site des autorités danoises consulté le 10/11/2020). C’est le plus gros exportateur de visons du monde (Source : Promed du 06/11/2020). Aucun repeuplement d’exploitation de visons ne pourra avoir lieu en 2021 (Source : lettre des autorités danoises au 05/11/2020, site du Statens Serum Institute au 05/11/2020). Toutefois le 10/11/2020, le ministre de l’alimentation du Danemark indiquait que cette mesure d’abattage préventif n’avait pas de fondement légal et revenait sur cette mesure (Source : média au 10/11/2020).

La communauté scientifique semble sceptique concernant l’impact que pourrait avoir cette mutation du virus sur la santé publique (Source : Promed au 06/11/2020).

Le 06/11/2020, l’OMS faisait état d’investigations en cours concernant cette éventuelle nouvelle souche de SARS-CoV-2 (Source : OMS au 06/11/2020, Promed au 08/11/2020). L’ECDC a publié le 12/11/2020 une évaluation des risques relative à la diffusion du SARS-CoV-2 via les visons. Au regard des informations disponibles à ce stade, l’ECDC indique que le risque de transmission de cette souche est identique pour la population générale aux autres souches de SARS-CoV-2 en circulation. Les personnes atteintes n’ont pas présenté de symptômes plus sévères qu’avec d’autres souches. Concernant l’impact sur l’immunité, la réinfection et la production d’un vaccin de cette nouvelle souche en lien avec la mutation de la protéine spike, l’ECDC ne se prononce pas clairement sur cet impact indiquant la nécessité de mener des investigations pour effectuer une évaluation des risques sur ce point. A noter l’absence de lien entre les souches de SARS-CoV-2 en circulation au Danemark et celles en circulation aux Pays-Bas (Source : rapport d’évaluation des risques de l’ECDC au 12/11/2020).

Le 13/11/2020, un rapport du Statens Serum Institut a été mis en ligne sur leur site concernant leurs investigations préliminaires sur les mutations de la protéine Spike. Ils ont étudié les mutations de cette protéine et leur impact sur l’antigénicité du virus SARS-CoV-2. La première mutation apparue (453F) est le signe d’une adaptation du virus au vison. D’autre mutations sont ensuite apparues à la fois chez les visons et chez les humains épidémiologiquement reliés à ces visons. Le SSI travaille à l’isolement de toutes les souches circulant au niveau de la population humaine et pouvant être reliées aux foyers dans les exploitations de visons. Ils ont mené une étude à partir de sérums de patients ayant eu la COVID-19 dans le Sud du Danemark (et donc non exposés au variant du virus apparu dans les élevages de visons du Nord du pays) pour évaluer une éventuelle diminution de la réponse immune au contact de ce nouveau variant. Comme le rappelle le SSI, il s’agit d’une étude préliminaire menée sur seulement neuf échantillons de plasma ayant des titres de neutralisation différents (quatre avec des titres faibles, trois intermédiaires et deux forts). Les sérums à fort titrage ne sont pas impactés. Pour les autres titrages une diminution de la neutralisation est présente mais sa significativité est difficile à évaluer car les intervalles de confiance ne sont pas facilement visibles sur la figure représentée (Source: rapport du SSI du 13/11/2020). Le 19/11/2020, le SSI précise qu’aucune nouvelle personne n’a été détectée comme porteuse du virus SARS-CoV-2 avec la mutation de la protéine spike présentée ci-dessus depuis le 15/09/2020 estimant ainsi que cette variante du virus SARS-CoV-2 n’est probablement plus en circulation (Source: Hammer et al, 2021).

Au 10/03/2021, 290 exploitations de visons avaient été détectées positives au SARS-CoV-2, ce qui représente un quart des élevages du pays. Ce chiffre est stable depuis le 02/12/2020 (Figure 1). La Figure 2 montre l’évolution dans le temps du nombre d’exploitations de visons détectées positives depuis la première le 13/06/2020 (semaine 24) à la dernière détectée en semaine 49. Le programme de surveillance renforcée avait été mis en place pour mémoire en semaine 26.

La loi visant à interdire provisoirement l’élevage de visons a été votée le 21/12/2020 entraînant une interdiction de mise en production de visons d’élevage en 2021 dans le pays (article média au 21/12/2020).

 

Localisation des exploitations de visons détectées positives au SARS-CoV-2

Figure 1 : Localisation des exploitations de visons détectées positives au SARS-CoV-2 (n=290) au Danemark (zones rouge = provinces où des exploitations ont été détectées positives au SARS-CoV-2 et vert= province où aucune exploitation n’a été détectée positive au SARS-CoV-2 (Source : site des autorités danoises consulté le 10/03/2021, dernière mise à jour le 02/12/2020)

 

Nombre d’exploitations de visons détectées positives au SARS-CoV-2 par numéro de semaine de l’année 2020

Figure 2 : Nombre d’exploitations de visons détectées positives au SARS-CoV-2 par numéro de semaine de l’année 2020, chaque couleur représente une commune. (Source : site des autorités danoises consulté le 10/03/2021, dernière mise à jour le 02/12/2020).

Le 05/02/2021, annonce est faite que la campagne d’abattage total du cheptel décidée le 04/11/2020 est achevée. Environ 15 millions de visons ont été euthanasiés. Un plan d'indemnisation du secteur du vison a été annoncé pour quelque 19 milliards de couronnes (2,5 milliards d'euros) (Source : AFP Copenhague le 05/02 2021)

Le bilan de transmission anthropozoonotique des variants « vison » au Danemark sur la période Juin-Novembre 2020, a été publié par Eurosurveillance le 04/02/2021. Parmi les élevages testés, 25 % étaient positifs, avec une prévalence maximale de 48 % dans la région Nord-Jutland où l’épizootie a démarré. Il est estimé que 19 % des personnes identifiées comme étant en lien avec un élevage de visons ont été infectées (643/3 319). Cette proportion atteint  27 % dans la région Nord-Jutland. Dans la population générale, 4 000 personnes ont été infectées par un variant « vison ». Ces variants représentaient jusqu’à 53 % des souches séquencées dans le nord du pays les semaines 41-42 de l’année 2020. Ces souches ont également été détectées dans le reste du pays (12 % au centre du pays, 1 % dans la capitale).

Au total 35 substitutions et quatre délétions sur la protéine Spike ont été identifiées sur les souches en co-circulation chez l’Homme et le vison. Le variant Cluster 5 ne circule plus.

L’expérience du Danemark montre qu’une importante population animale réceptive au SARS-CoV-2 représente un danger d’évolution virale et de transmission retour à la population humaine.

Espagne

Une exploitation à La Puebla de Valverde (région d’Aragon) de 93 000 visons a fait l’objet d’une décision d’abattage le 15/07/2020 suite à la mise en évidence de tests positifs au SARS-CoV-2 sur plus de 80 % des visons prélevés le 13/07/2020 (prélèvements faits sur 90 visons). Le 22/06/2020, de premières analyses positives sur cinq visons parmi 30 prélevés n’avaient pas entrainé de décision d’abattage. La femme d’un des employés puis sept employés avaient été atteints de la COVID-19 ce qui avait alerté les autorités sur la situation de cette exploitation incluant son immobilisation dès le 22/05/2020 avec mise en place de prélèvements réguliers sur les visons. Aucun des visons n’avait présenté de symptôme (Source : Promed au 17/07/2020).

Un élevage de visons a été confirmé positif au SARS-CoV-2 en RT-PRC le 19/01/2021 dans la province de A Coruña (Galice), dans le cadre de la surveillance programmée nationale. Les mutations D614G (quatre prélèvements) et N501T (un prélèvement) ont été identifiées. La mutation Y453F, ainsi que les souches britannique, sud-africaine ou brésilienne n’ont pas été détectées (Source : Commission Européenne 11/02/2021)


Un troisième élevage de visons a été confirmé le 22/01/2021 dans la province de Avila (Castille-et-Léon), suite à l’introduction probable du virus par des travailleurs infectés. Le taux de morbidité est évalué à 20 % et deux animaux ont été testés positifs par RT-PCR. Un abattage sanitaire a été mis en place (Source : notification OIE le 26/01/2021).

Etats-Unis (classement par Etat)

Au 05/01/2021, les Etats-Unis avaient notifiés dix-sept exploitations positives au SARS-CoV-2 (douze dans l’Utah, une dans le Michigan, trois dans le Wisconsin et une dans l’Oregon).

Utah

Le 17/08/2020, l’USDA a indiqué que deux exploitations de visons de l’Utah avaient été détectées positives au SARS-CoV-2 (effectifs de 20 000 et 8 983 visons). Une augmentation anormale de la mortalité sur ces deux exploitations (taux de 17,6 et 16,1 %) avait été constatée ainsi que des symptômes respiratoires à compter du 26/07/2020 et 02/08/2020 respectivement. Des employés de ces exploitations avaient également été testés positifs. Une enquête épidémiologique est en cours pour déterminer les circonstances de la contamination de l’élevage. Les exploitations ont été mises en quarantaine. L’abattage n’est pas envisagé à ce stade. Le taux de mortalité dans ces exploitations est depuis revenu à la normale (Promed du 18/08/2020, notification OIE du 20/08/2020).

Le 27/08/2020, trois exploitations de visons ont été notifiées comme positives au SARS-CoV-2 dans l’Utah (effectifs de 6 326, 3 643 et 1 705 visons). Les visons de ces exploitations ont présenté des signes respiratoires. Des taux de mortalité anormalement élevés ont été mis en évidence (respectivement 24,6 %, 30,7 % et 12 %) (Sources : notification OIE au 27/08/2020, USDA au 01/05/2020).

Le 24/09/2020, une exploitation de 1 500 visons dans l’Utah a été déclarée positive au SARS-CoV-2 en RT-PCR (résultat des analyses au 17/09/2020). Les prélèvements ont été réalisés suite au constat d’une augmentation de la mortalité (3,93 % de mortalité). Une personne en contact avec les visons avait la COVID-19 (Source : notification de suivi OIE du 24/09/2020). Le 07/09/2020, une exploitation de 600 visons de l’Utah dont 146 sont morts a fait l’objet de prélèvements confirmés positifs au SARS-CoV-2 en RT-PCR le 24/09/2020 (Source : notification OIE au 02/10/2020).

Le 20/09/2020, une exploitation de 14 000 visons de l’Utah dont 247 sont morts a fait l’objet de prélèvements confirmés positifs au SARS-CoV-2 en RT-PCR le 24/09/2020 (Source : notification OIE au 02/10/2020).

Le 29/09/2020, une exploitation de 300 visons dans l’Utah dont 126 sont morts a fait l’objet de prélèvements confirmés positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 le 07/10/2020. (Source : notification OIE du 16/10/2020)

Le 16/11/2020, trois exploitations de visons ont été notifiées comme positives au SARS-CoV-2 suite à des résultats positifs en RT-PCR. Cela faisait suite à des suspicions compte tenu de mortalités anormales constatées et de signes cliniques respiratoires associés à une inappétence. Cela a fait suite à des suspicions en date du 08/10/2020 pour une exploitation de 3 000 visons dont 373 sont morts, en date du 22/10/2020 pour une exploitation de 13 200 visons dont 585 sont morts et du 25/10/2020 pour une exploitation de 38 000 visons dont 739 sont morts. L’une de ces trois exploitations a indiqué qu’une des personnes en contact avec les visons était atteinte de la COVID-19. Les taux de mortalité dans ces exploitations sont revenues à la normale (Source : 

notification OIE au 16/11/2020).

Cela porte à douze le nombre d’exploitations de visons détectées positives au SARS-CoV-2 dans l’Utah au 16/11/2020.

Michigan

Le 27/09/2020 une exploitation de 17 000 visons dans le Michigan dont 2 000 sont morts a fait l’objet de prélèvements confirmés positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 le 02/10/2020. Des symptômes d’inappétence, difficultés respiratoires, épistaxis et mort subite ont été observés. Les sources de contamination sont en cours d’investigation (Source : notification OIE du 09/10/2020).

Wisconsin

Le 30/09/2020 une exploitation de 14 600 visons dans le Wisconsin dont 1 800 sont morts a fait l’objet de prélèvements confirmés positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 le 07/10/2020. Des symptômes d’inappétence, difficultés respiratoires, épistaxis, coloration anormale des urines et mort subite ont été observés. Une personne en contact avec les visons était atteinte de la COVID-19 (Source : notification OIE du 09/10/2020).

Le 19/10/2020, une exploitation de 22 500 visons dans le Wisconsin dont 2 200 visons sont morts a fait l’objet de prélèvements confirmés positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 le 30/10/2020. En plus d’une mortalité anormalement élevée, des symptômes d’inappétence et des difficultés respiratoires ont été observés (Source : notification OIE au 16/11/2020).

Le 04/11/2020, une exploitation a était détectée positive au SARS-CoV-2 (Comté de Taylor, Winconsin), 3 400 visons sont morts mais il n’est pas précisé la taille de cette exploitation qui a été mise en quarantaine. Le 05/11/2020, une deuxième exploitation où 2 000 visons sont morts était confirmée positive dans ce même comté sans précision de la taille de cette exploitation (Source : 

Promed au 08/11/2020).

Oregon

Une exploitation de 12 000 visons de l’Oregon a été détectée positive au SARS-CoV-2 par RT-PCR le 24/11/2020. Les animaux ont présenté de l’inappétence et des signes respiratoires légers (toux, éternuements) sans surmortalité. Des personnes en contact avec les visons étaient positifs à la COVID-19 (Source : notification OIE du 27/11/2020).

Suède

Une première exploitation d’environ 9 500 visons a été détectée positive au SARS-CoV-2 par RT-PCR le 23/10/2020 dans le comté de Blekinge. La source de contamination la plus probable serait liée à des contacts avec le propriétaire de l’exploitation et son père qui ont été testés positifs au SARS-CoV-2 le 21/10/2020 (Source : lettre des autorités suédoises à l’OIE du 29/10/2020, 

Promed au 03/11/2020, Promed au 30/10/2020). Neuf autres exploitations ont été déclarées positives au SARS-CoV-2 le 06/11/2020 dans la même zone au sud-est du pays. Pour ces exploitations les autorités envisagent comme source la plus probable une contamination des visons par du personnel. La Suède compte 40 exploitations de visons dont vingt sont situées dans cette région. Une surveillance basée sur l’analyse d’animaux trouvés morts a donné lieu à l’analyse de visons provenant de 18 exploitations différentes provenant de cette région. Des mesures de biosécurité renforcées et de restrictions de mouvements ont été mises en place dans toutes les exploitations du pays. Pour les exploitations infectées aucune mesure d’abattage n’a été mise en place à ce stade. En effet, la population de visons en Suède est de 600 000 têtes dont 80 % doivent être abattus pour leur fourrure dans les semaines à venir rendant peu pertinent un abattage immédiat (Source : Promed le 07/11/2020).

Dans un courrier en date du 01/12/2020 les autorités suédoises ont indiqué avoir détecté trois autres foyers portant à 13 le nombre d’exploitations de visons détectées positives au SARS-CoV-2 toutes dans la même zone où la moitié des exploitations du pays se situe.

Le 27/01/2021, la Suède a interdit l’élevage de visons sur son territoire pour le reste de l'année 2021, par mesure de précaution (Source : Reuters Stockholm le 27/01/2021).

Italie

L’Italie compte neuf exploitations de visons localisées en Lombardie, Véneto, Emilie-Romagne et Abruzzes. Le 30/10/2020, les autorités italiennes ont informé l’OIE de la détection d’une exploitation de 26 000 visons positive au SARS-CoV-2 en RT-PCR en Lombardie le 10/08/2020 dans le cadre d’un programme de surveillance programmée des exploitations du pays. Aucun symptôme clinique n’a été observé sur les animaux et sur 1 124 analyses réalisées seules deux se sont révélées faiblement positives conduisant les autorités italiennes à conclure à une absence de circulation du virus dans l’exploitation. Il s’agirait d’une simple contamination ou de réponses non spécifiques des tests (Source : lettre des autorités italiennes à l’OIE le 30/10/2020).

Grèce

Deux exploitations de visons du Nord du pays ont été détectées positives au SARS-CoV-2 le 13/11/2020. Un des éleveurs d’une des exploitations a été également testé positif au SARS-CoV-2. Des analyses sur les employés sont en cours. L’abattage des visons de cette exploitation est planifié. La deuxième exploitation est située en Kozani à 70 km d’une forte zone de production de vison. La population de visons en Grèce est estimée à des centaines de milliers de tête (Source : 

média au 13/11/2020).

Le 03/12/2020, les autorités grecques informaient l’OIE de la détection de onze nouveaux foyers dans la région de Macédoine de l’Ouest (Source : courrier OIE du 03/12/2020).

Le 08/12/2020 une exploitation de 4 000 visons asymptomatiques dans la région de Grevena a été détectée positive au SARS-COV-2 par RT-PCR suite à une suspicion liée à la présence d’un employé atteint par la COVID-19 (Source : notification OIE du 15/12/2020).

Deux exploitations de visons de la région de Kozani de respectivement 7 500 et 2 300 visons ont été testées positives au SARS-CoV-2 par RT-PCR également le 08/12/2020. Cela a fait suite à des suspicions liées à une surmortalité dans l’élevage et la présence d’employés atteints par la COVID-19 (Source : notification OIE du 15/12/2020).

Suite à la détection d’une mortalité anormale et la présence de symptômes respiratoires associés à une perte d’appétit, un élevage de visons a été détecté positif en RT-PCR au SARS-CoV-2 le 16/12/2020. L’exploitation, située dans la région de Kozani comprend 3 300 animaux (Source : notification OIE du 19/12/2020).

Le 18/12/2020 des analyses positives en RT-PCR au SARS-CoV 2 sont rendues suite à des prélèvements dans une exploitation de la région de Grevena. La suspicion fait suite à la détection d’un cas humain sur l’un des employés, les 3 000 animaux de l’exploitation étaient asymptomatiques (Source : notification OIE du 19/12/2020).

Au 19/12/2020, 17 des 91 exploitations de visons du pays ont été détectés positives au SARS-CoV-2. Seule la première exploitation détectée le 13/11/2020 a fait l’objet de mesures d’abattage. Une surveillance hebdomadaire par test des employés des exploitations de visons du pays est organisée en complément d’une obligation de notification de toute mortalité anormale ou signes cliniques chez les visons du pays (Source : notification OIE du 19/12/2020).

Le 08/01/2021, quatre exploitations de visons sont confirmées positives dans les régions de Kozani (2) et Kastoria (2). Dans l’une des fermes, le taux de morbidité est estimé à 20 % avec des signes respiratoires (dyspnée, jetage) et le taux de mortalité est de 7 %. Aucun signe clinique n’a été observé dans les trois autres fermes. La mutation Y453F a été détectée dans trois exploitations et chez six personnes directement en contact avec les visons (Source : Commission Européenne 11/02/2021).

Le 13/02/2021, une exploitation de vison est confirmée positive dans la région de Grevena. Aucun signe clinique, ni aucune surmortalité n’ont été observés. Deux travailleurs en lien avec l’exploitation ont été confirmés positifs bien qu’asymptomatiques. La transmission de l’Homme a l’animal est suspectée. Aucun VOC (britannique, sud-africain ou brésilien) n’est mis en cause à ce stade (Commission Européenne 16/03/2021)

France

Un élevage de visons à Champrond-en-Gâtine (Eure-Et-Loir) a été détecté positif au SARS-CoV-2 par RT-PCR et sérologie le 20/11/2020. Dans cet élevage de 4 100 visons, 174 ont été détectés positifs en sérologie sur 180 visons prélevés et 33 positifs en RT-PCR sur 110 tests virologiques réalisés (Source : notification OIE du 23/11/2020). L’hypothèse de la contamination de cet élevage par un humain porteur du virus est la plus plausible à ce jour (Source : communiqué de presse en date du 09/12/2020). L’exploitation a fait l’objet d’un abattage. La France compte quatre élevages de visons (Neovison vison) regroupant environ 20 000 visons (Source : article média au 23/11/2020). Les prélèvements réalisés dans les trois autres élevages étaient négatifs au 09/12/2020 (Source : communiqué de presse en date du 09/12/2020). Dès le mois de mai 2020 la France avait mis en place des mesures de biosécurité renforcées dans l’ensemble des exploitations de visons du pays puis des prélèvements en novembre dans le cadre d’un programme scientifique conduit par l’Anses (financement OMS) (Source : communiqué de presse du ministère en charge de l’agriculture du 22/11/2020, avis de l’anses du 21/09/2020).

Pologne

Le 24/11/2020 l’université de Gdansk indiquait avoir détecté du SARS-CoV-2 sur huit visons d’une exploitation. Les prélèvements étaient issus d’une surveillance programmée menée sur 91 exploitations de visons faisant suite à l’information du Danemark de la détection d’une nouvelle mutation sur le virus SARS-CoV-2. Les autorités polonaises ont indiqué avoir identifié 18 cas de COVID-19 sur des employés d’exploitations de visons depuis le début de la pandémie. L’hypothèse la plus probable, d’après les autorités polonaises, est une contamination de l’exploitation par l’un des employés. Des investigations sont en cours. La Pologne serait le troisième plus gros producteur mondial de visons derrière la Chine et le Danemark (Source :Promed au 27/11/2020).

Le 30/01/2021, une sixième exploitation est confirmée positive, dans la voïvodie de Poméranie dans le cadre de la surveillance programmée nationale. Aucun signe clinique n’a été observé (Source : Commission Européenne 11/02/2021).

Lituanie

Le 26/11/2020, les autorités lituaniennes ont indiqué à la presse avoir détecté une exploitation de visons positive au SARS-CoV-2 par RT-PCR dans le centre du pays (Jonava district). Cela fait suite à des prélèvements réalisés sur 169 visons morts au sein de cette exploitation de 60 000 visons. Cinq des employés de l’exploitation ont été détectés positifs au COVID-19 suggérant une transmission des visons par cet employé d’après les autorités. Une partie de l’exploitation sera abattue. La Lituanie compte 26 exploitations regroupant 1,6 millions de visons (Source: Promed mail au 26/11/2020, 

notification OIE du 26/11/2020).

Le 30/12/2020, une deuxième exploitation de 55 000 visons a été découverte positive par RT-PCR au SARS-CoV-2. Les animaux se seraient contaminés au contact des cinq travailleurs détectés positifs. Il n’est pas précisé s’il s’agit des mêmes travailleurs que ceux indiqués dans la précédente notification (Source : notification OIE du 30/12/2020).

Le 30/12/2020, une troisième exploitation de 55 000 visons est confirmée positive dans la région de Radviliškis. Aucune observation de mortalité n’a été observée. L’enquête épidémiologique conclut à une origine humaine, car cinq travailleurs ont été confirmés positifs à la COVID-19 (Source : Commission Européenne 15/01/2021).

Canada

Le 04/12/2020 un élevage de visons de la province de Colombie-Britannique, à proximité de la frontière avec les USA, a été suspecté suite au diagnostic positif au COVID-19 d’employés de l’exploitation. Les 15 000 visons de l’exploitation étaient alors asymptomatiques. Des prélèvements ont permis d’identifier le SARS-CoV-2 sur les visons le 05/12/2020. Dans les jours suivants une mortalité anormale a été constatée (1 %) (Source : notification OIE au 09/12/2020). Le séquençage des souches détectées dans l’exploitation a montré de fortes similitudes avec les séquences nord-américaines (Source : notification OIE au 21/12/2020).

Des résultats positifs ont été obtenus au SARS-CoV-2 en RT-PCR le 23/12/2020 suite à des prélèvements réalisés le même jour dans un élevage de visons de la même province. Sur les 950 visons de l’exploitations, 33 sont morts ce qui a entrainé la suspicion. (Source : notification OIE du 30/12/2020).

Les investigations épidémiologiques sont en cours dans les deux exploitations. Les animaux ont été volontairement abattus par les exploitants (Source : notification OIE du 30/12/2020).
 
Encadré 6 : Faune sauvage captive confirmée  par RT-PCR au SARS-CoV-2.

USA

Zoo de New York

Cinq tigres (Panthera tigris jacksoni) et trois lions (Panthera leo) sont hébergés dans deux enclos distincts au zoo de New York (WCS Bronx zoo) (Source : Notification OIE du 6/04/2020). Ces animaux sont détenus depuis longtemps dans le zoo qui n’a pas accueilli de nouveaux félins ces dernières années (Source : Promed 84 du 06/04/2020). L’un des cinq tigres, âgé de quatre ans, a présenté des signes cliniques respiratoires le 27/03/2020. Il a fait l’objet de prélèvements nasaux, oropharyngés et trachéaux le 03/04/2020. Les analyses en RT-PCR et séquençage pour le SARS-CoV-2 étaient positifs (résultats confirmés par l’USDA le 04/04/2020) (Source : Promed 84 du 06/04/2020, Notification OIE du 06/04/2020). Le 03/04/2020, trois autres tigres et les trois lions ont présenté des signes cliniques (toux sèche et dans certains cas respiration sifflante, mais pas de dyspnée ni d'écoulement nasal ou oculaire). Au 06/04/2020, ces félins présentaient une amélioration de leur état général (Source : Notification OIE du 6/04/2020, Promed 84 du 06/04/2020). Les autres félins du zoo n’ont pas présenté de signes cliniques (Source : Promed 84 du 06/04/2020).

L’origine de l’infection serait un animalier qui, au moment où il était en contact avec les félins, était en phase asymptomatique de la COVID-19 (Source : Promed 84 du 06/04/2020).

Le 22/04/2020 un article média informait que quatre autres tigres et trois lions de ce zoo avaient été testés positifs au SARS-CoV-2. Aucune information concernant la date des prélèvements ou des analyses n’est précisée (Source: article National geographic).

Zoo de Knoxville (Tennessee)

Deux tigres (Panthera tigris jacksoni) de ce parc zoologique ont été testés positifs au SARS-CoV-2 le 30/10/2020 après avoir présenté des signes cliniques comme un troisième tigre du zoo (toux, léthargie, perte d’appétit). Les trois animaux ont été placés en quarantaine et des prélèvements effectués sur le troisième tigre sont en cours d’analyse. La source supposée de la contamination serait un animalier ayant eu une forme asymptomatique de la COVID-19 (Source : Promed au 04/11/2020, 

notification OIE du 06/11/2020).

Zoo dans le Kentucky (comté de Jefferson)

Un léopard des neiges (Panthera uncia) a été détecté positif au SARS-CoV-2 le 10/12/2020 dans un parc zoologique du Kentucky. Cela a fait suite à des symptômes respiratoires détectés le 27/11/2020. Les deux autres panthères de l’enclos, également symptomatiques, ont fait l’objet de prélèvements, les résultats sont en attente. Il est suspecté une contamination via un Homme atteint de la COVID-19 (Source : notification OIE au 18/12/2020)

Zoo de San Diego

Le 11/01/2021, un premier Gorille (Gorilla gorilla) est confirmé positif par RT-PCR au SARS-CoV-2. Deux individus d’un groupe de huit ont présenté des signes respiratoires (Source : Communiqué de presse Zoo San Diego). L’animal confirmé positif a été traité par sérothérapie (anticorps monoclonaux) et a guéri (Source : AFP Washington 25/01/2021). Le variant identifié est la souche californienne. Il s’agit du premier cas connu de transmission naturelle aux grands singes. L’hypothèse d’une contamination par les soigneurs est privilégiée sans être confirmée. Le 05/03/2021 tous les grands singes du zoo ont été vaccinés (orang-outans et bonobos) (Source : AFP Los Angeles 05/03/2021)

Zoo au Texas

Un tigre a présenté des signes respiratoires fin décembre 2020. Il a été confirmé positif par RT-PCR au SARS-CoV-2 et a dû être euthanasié. Deux autres lions ont également présenté des signes respiratoires mais n'ont pas été confirmés infectés par le SARS-CoV-2 (Source : 

notification OIE au 29/01/2021).

Le 09/02/2021, un tigre et un cougar ont été confirmés positifs par RT-PCR au SARS-CoV-2 (USDA List of SARS-CoV-2 Cases le 10/03/2021).

Zoo dans le Minnesota

Un tigre a présenté des signes respiratoires et a été confirmé positif par RT-PCR au SARS-CoV-2. Le zoo héberge également des lions et des pumas, espèces sensibles. Au total vingt-cinq animaux ont été testés (Source : notification OIE au 29/01/2021).

Zoo dans l’Indiana

Le 05/02/2021, un tigre est confirmé positif par RT-PCR au SARS-CoV-2 (USDA List of SARS-CoV-2 Cases le 10/03/2021).

Afrique du Sud

Un puma (Puma concolor) du zoo de Johannesburg a été testé positif au SARS-CoV-2 par RT-PCR le 31/07/2020. La contamination serait due à un contact avec un animalier atteint de la COVID-19. L’animal partage un enclos avec un autre puma. Il n’y a pas d’indication à ce jour sur les résultats d’éventuels prélèvements sur ce second animal (Source : notification OIE du 11/08/2020).


Espagne
Le 10/12/2020, la presse relaie l’information que quatre lions du zoo de Barcelone (Espagne) avaient été détectés positifs au SARS-CoV-2 en novembre 2020 et sont à présents rétablis. Il s’agit de trois femelles de 16 ans et un mâle de quatre ans ayant présenté de faibles symptômes respiratoires. Deux personnels du zoo ont été testés positifs à la COVID-19 (Source : 

média au 10/12/2020, Promed au 08/12/2020).


Suède

Le 15/01/2021, un zoo a détecté le SARS-CoV-2 chez un tigre de 17 ans présentant des signes respiratoires aigus. Il a dû être euthanasié. Un autre tigre du même enclos, ainsi qu’un groupe de cinq lions dans un enclos proche ont également présenté des signes respiratoires modérés. Un soigneur a été testé positif au SARS-CoV-2 (Lettre à OIE le 13/01/2021).

Argentine

Un cas de SARS-CoV-2 a été confirmé le 15/11/2020 et déclaré le 18/02/21 sur un puma (Source : Notification OIE au 18/02/2021).

 


 
Encadré 7 : Connaissances et questionnements

Ce que l’on sait
  • Les cas d’animaux de compagnie positifs en RT-PCR au SARS-CoV-2 (encadrés 1 à 5) sont des cas isolés associés à des contacts étroits avec des humains atteints par la COVID-19. Le passage du SARS-CoV-2 de l’Homme vers une autre espèce animale semble actuellement peu probable à l’exception des visons d’élevage (Source : OIE call 31/03/2020, 

    avis Anses 09/03/2020, avis Anses le 11/03/2021    ).
  • Aucun cas de transmission du SARS-CoV-2 d’un animal de compagnie à l’Homme n’a été confirmé. Il n'existe pas de preuve que les animaux de compagnie jouent un rôle épidémiologique dans la propagation des infections humaines au SARS-CoV-2 (Source : 

    OIE Q/R 22/01/2021).
  • La principale voie de transmission du SARS-CoV-2 est d’humain à humain (Source : 

    OIE Q/R mise à jour 09/06/2020).
  • En condition naturelle très peu de chiens et peu de chats ont développé des symptômes cliniques liés au SARS-CoV-2. Il n’a pas été démontré de transmission du virus SARS-CoV-2 entre chiens ou du chien vers une autre espèce. Leur réceptivité est démontrée mais la présence de symptômes n’est pas systématique (Source: avis anses actualisé au 16/10/2020, encadrés 1 à 4 de la présente note).
  • Les hamsters sont sensibles et réceptifs au SARS-CoV-2 (Source: avis anses actualisé au 16/10/2020).
  • Des études expérimentales de plusieurs équipes de recherche menées chez des volailles, canards, dindes n’ont pas mis en évidence de réceptivité et de sensibilité de ces espèces au SARS-CoV-2. Sur cette base, l’OIE tout comme l’Anses concluent à un risque négligeable de transmission de l’Homme à l’animal, de l’animal à l’Homme ou de transmission au sein de ces espèces. (Source : rapport OIE du 05/11/2020, avis anses actualisé au 16/10/2020, 

    OIE Technical Factsheet janv-2021    ) (Shi et al. 2020).
  • Plusieurs exploitations de visons ont été atteintes par le SARS-CoV-2 suite à des transmissions du virus de l’Homme à l’animal (encadré 5). Les furets, faisant également partis des mustélidés, sont sensibles au SARS-CoV-2 (Shi et al. 2020). La transmission intra-spécifique chez les visons et chez les furets est avérée (Source : avis anses actualisé au 16/10/2020).Des souches ont été identifiées en co-circulation chez l’Homme et le vison, témoignant du risque zoonotique. Sur ces bases, l’OIE et l’OMS concluent que le risque d’infection d’une visonnière par l’Homme est élevé surtout en Europe, ainsi que le risque de retour vers l’Homme (Source : rapport OIE du 05/11/2020). L’Anses conclut également à la réceptivité et sensibilité des furets et visons (avis ANSES le 21/09/2021)
Ce qu’on suppose
  • Les chiens et chats détectés positifs au SARS-CoV-2 ont probablement été contaminés par leur propriétaire infecté (avis Anses).
  • Le SARS-CoV-2 est très probablement d’origine animale et proviendrait d’une espèce de chauve-souris (genre Rhinolophus) avec probablement l’intervention d’un hôte intermédiaire (Wacharapluesadee et al. 2021).
  • Concernant les bovins, seule une étude expérimentale a été menée sur six animaux permettant de conclure d’après l’OIE à un risque très faible de transmission de l’Homme à l’animal, négligeable de l’animal à l’Homme et entre bovins (Source : rapport OIE du 05/11/2020). L’Anses indique la nécessité de mener des études complémentaires pour confirmer ou non leur réceptivité au SARS-CoV-2 (Source : avis anses actualisé au 16/10/2020).
  • Des études expérimentales menées chez des porcs n’ont pas mis en évidence de réceptivité systématique dans cette espèce. Sur cette base, l’OIE conclut que les porcs sont peu sensibles car nécessitent une dose infectante élevée représentant ainsi un risque très faible de transmission de l’Homme à l’animal, négligeable de l’animal à l’Homme et entre porcs (Source : rapport OIE du 05/11/2020). L’Anses indique la nécessité de mener des études complémentaires pour confirmer ou non leur réceptivité au SARS-CoV-2 (Source : avis anses actualisé au 16/10/2020).
  • Concernant les lapins, seule une étude expérimentale a été menée incitant l’OIE à conclure que le risque de transmission de l’Homme à l’animal est faible et réciproquement (Source : rapport OIE du 05/11/2020). L’Anses indique la nécessité de mener des études complémentaires pour confirmer ou non leur sensibilité au SARS-CoV-2 (Source : avis anses actualisé au 16/10/2020).
Les questions sans réponse à ce jour
  • Quelle est la dose infectieuse minimale (c’est-à-dire le nombre minimal de particules virales nécessaires pour induire une infection) pour l’Homme ? Faute d’études disponibles, aucune réponse n’est connue à ce jour (Source : Scicom, 2020).
  • Est-ce que les animaux domestiques peuvent être infectés par le SARS-CoV-2 par contact indirect dans leur environnement ?
  • Est-ce que le SARS-CoV-2 peut se transmettre d’un animal domestique à un autre (hors vison) en situation naturelle et persister dans la population des animaux domestiques?
  • Est-ce qu’un Homme peut être contaminé par un animal domestique infecté (hors vison)?
  • Considérant le nombre croissant de variants circulant dans la population humaine, est ce que cette variabilité croissante augmente la probabilité d’infection des espèces animales actuellement non réceptives ?
 
Encadré 8 : Recommandations

A l’attention des propriétaires d’animaux de compagnie (Source : OIE, 

Anses)

Dans la mesure du possible, les personnes malades de la COVID-19 doivent éviter tout contact étroit avec leurs animaux de compagnie (notamment chiens, chats, furets) et confier leurs animaux aux bons soins d'un autre membre de leur foyer. Si elles doivent s'occuper de leur animal, elles devraient appliquer de bonnes pratiques d'hygiène et si possible porter un masque facial et se laver les mains avant et après avoir pris soin de leur animal. Les animaux appartenant à des propriétaires infectés par la COVID-19 devraient autant que possible rester à l’intérieur et les contacts avec ces animaux évités dans toute la mesure du possible.

A l’attention des personnes en contact avec des animaux de la faune sauvage (Source : OIE)

L’OIE en partenariat avec des organismes spécialisés dans la faune sauvage a publié le 25/08/2020 des recommandations à l’attention des personnes en contact avec des animaux de la faune sauvage. Ces recommandations visent à limiter les risques de contamination du SARS-CoV-2 de l’Homme à la faune sauvage pour éviter la mise en place de réservoirs. Elles sont basées sur le respect de principes de biosécurité et d’hygiène.

A l’attention des personnes travaillant dans des exploitations d’animaux d’espèces sensibles

L’OIE a publié un guide à l’attention du personnel des exploitations où des animaux d’espèces sensibles sont élevés. Ce guide vise à limiter le risque d’introduction du SARS-CoV-2 aux animaux d’espèces sensibles (Guide l’OIE au 16/11/2020)

A l’attention des personnes en charge de la mise en œuvre des programmes de surveillance

L’EFSA a publié un guide pour le suivi des infections chez les mustélidés, en particulier dans les élevages. Elle recommande une stratégie basée sur la surveillance évènementielle sur tout le territoire et une surveillance programmée à adapter selon le contexte de chaque région (

EFSA le 03/10/2021). En France, l’Anses a publié ses recommandations de surveillance dans les trois élevages de vison restants dans un avis du  18/02/2021.
 
 
 
[1] Avis de l’Anses : « la présence d’ARN détecté par RT-PCR n’est pas forcément associée à la présence de particules virales infectieuses ou à une infection productive et donc, ne permet pas de conclure, à elle seule, à une infection de l’animal : une contamination passive ne peut pas être exclue »
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Veille Sanitaire Internationale (VSI)
Actualité
Post date
31/03/2021 - 18:31

 

 

 

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